SudaMemo
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[[SAGA]] #contents *【作業記録】各種ソフトウェアのインストールとパスの変更 (2026/04/21) [#iace9936] - Latex_Gnuplot.pmのエスケープ文字変更 -- L140: $command=~s/\\{/{\/Symbol \\355}/g; -> $command=~s/\\\{/{\/Symbol \\355}/g; - Gnuplot.pmからLatex_Gnuplot.pmを呼んでいるのでパス追加 use FindBin qw($Bin); use lib $Bin; - gnuplot 5.2.4 in Gnuplot.pm %> sudo dnf install gnuplot - grepとawkのパス変更 in Gnuplot.pm -- /bin/grep -> /usr/bin/grep -- /bin/awk -> /usr/bin/awk - tar in Gnuplot.pm: /bin/tar -> /usr/bin/tar %> sudo dnf install tar - ps2pdf in Gnuplot.pm: %> sudo dnf install ghostscript * Perlモジュールのインストール方法 (2026/04/15) [#z66989f9] - CGI.pmのような標準モジュールはRocky/RHEL系のパッケージに含まれていることがある。その場合は、以下でインストール可能。 sudo dnf install perl-CGI -- 標準パッケージに含まれていない場合はCPANを導入してインストール。 sudo dnf install perl-CPAN -y sudo cpan CGI::Session *【作業記録】さくらのOS更新(2026/04/15) [#e0c6e43f] - CentOS 6 -> Rocky Linux 8 - php: 7.1 -> 8.1 - MySQL -> MariaDB 10.8? - pukiwiki: 1.5.1 -> 1.5.4 (php 8.1対応) - WordPress: -> 6.9.4 *【作業記録】同一天体を考慮したSIMBAD検索天体の一覧およびMySQLテーブルの生成 (2) (2026/04/06) [#sc220b99] - html_SIMBAD/以下のhtmlバージョンが異なるためにSIMBAD IDが変更されているケース (変更例は一部省略)。IDの優先度が変更されたか。 BPS CS 29518-0043 -> 2MASSJ01183829-3041026 BPS CS 22966-0011 -> 2MASSJ23350705-3022543 2MASS J15573010-2939228 -> UCAC4 302-083986 2MASS J14175995-2415463 -> UCAC4 329-069890 BD -22 395 -> CD -22 790 HE 2155-2043 -> 2MASS J21584227-2029156 BPS CS 31082-0001 -> BD -16 251 HE 1320-1339 -> BD-13 3695 -> HD219617B -> 2MASSJ11012043-1338384 -> HD358059 -> 2MASSJ01052796-1157310 -> HD83769 -> TYC57-1052-1 -> 2MASSJ15051979+0617069 -> SDSSJ152953.94+080448.1 -> SDSSJ004029.17+160416.1 -> LAMOSTJ221750.59+210437.1 -> BPSBS16554-0041 -> 2MASSJ14244185+5615349 - SIMBAD IDで同一判定となり、座標では同一判定とならない場合が2件、SIMBAD IDでは同一判定とならず、座標では同一判定となった場合が9件。 04/06 21:46:44.69384 [l. 461] / Only SIMBAD: HD15798_:_HR740 04/06 21:46:44.70007 [l. 461] / Only SIMBAD: BD-14_5890_:_GaiaDR3_6888560851915102464_:_RAVEJ205609.1-133118 04/06 21:46:44.71360 [l. 468] / Only Coordinate: J0554+5235_:_LAMOSTJ055408.54+523559.0 04/06 21:46:44.71363 [l. 468] / Only Coordinate: BD+01_2341p_:_BD+1_2341 04/06 21:46:44.71366 [l. 468] / Only Coordinate: J0705+2552_:_LAMOSTJ070542.30+255226.6 04/06 21:46:44.71373 [l. 468] / Only Coordinate: J1253+0753tn_:_LAMOSTJ125346.09+075343.1 04/06 21:46:44.71377 [l. 468] / Only Coordinate: J2217+2104_:_LAMOSTJ221750.59+210437.1_:_LAMOSTJ221750.59+210437.2 04/06 21:46:44.71379 [l. 468] / Only Coordinate: J1314+3741_:_LAMOSTJ131457.78+374110.7 04/06 21:46:44.71382 [l. 468] / Only Coordinate: BD-14_5890_:_GaiaDR3_6888560851915102464_:_J20560913-1331176_:_RAVEJ205609.1-133118 04/06 21:46:44.71386 [l. 468] / Only Coordinate: J1455+1251_:_LAMOSTJ145500.04+125106.2 04/06 21:46:44.71389 [l. 468] / Only Coordinate: HD219617A_:_HD219617B -- 最後は連星なので別天体として扱う。 *【作業記録】同一天体を考慮したSIMBAD検索天体の一覧およびMySQLテーブルの生成 (2026/03/12) [#kb763999] - GetStarIDsFromSIMBADHTML.pl: html_SIMBAD/以下のhtmlファイルを読み込んで、SAGA登録天体名、SIMBAD ID一覧、座標、明るさを抽出するスクリプト。 -- 入力: html_SIMBAD/*.html -- 出力: SIMBAD_IDs, saga_library::simbad_ids -- fluxを抽出する際にエラーとなる天体 No [error] in flux, first line BPS BS 17446-0025 -- No [error] in flux, first line HD 193231 -- No [error] in flux, first line HD 105113 -- No [error] in flux, first line LAMOST J011939.22-012150.45 -- No [error] in flux, first line LAMOST J055408.54+523559.0 -- No [error] in flux, first line LAMOST J062647.91+603254.0 -- No [error] in flux, first line LAMOST J070542.30+255226.6 -- No [error] in flux, first line LAMOST J085208.07+262730.1 -- No [error] in flux, first line LAMOST J104127.93+105627.8 -- No [error] in flux, first line LAMOST J131457.78+374110.7 -- No [error] in flux, first line NVSS J134655+102436 -- No [error] in flux, first line LAMOST J145500.04+125106.2 -- No [error] in flux, first line LAMOST J221750.59+210437.1 -- No [error] in flux, first line LAMOST J055408.54+523559.0 -- No [error] in flux, first line LAMOST J070542.30+255226.6 -- No [error] in flux, first line LAMOST J131457.78+374110.7 -- No [error] in flux, first line LAMOST J145500.04+125106.2 -- No [error] in flux, first line LAMOST J221750.59+210437.1 -- No [error] in flux, first line FIRST J120113.1+023515 -- No [error] in flux, first line NVSS J121636+010440 -- No [error] in flux, first line SDSS J114658.70+234357.2 -- No [error] in flux, first line LEDA 964818 -- No [error] in flux, first line TXS 1349-041 -- No [error] in flux, first line LEDA 973021 -- No [error] in flux, first line PGCC G004.15+18.25 -- - MakeSynonymFromSIMBADHTML.pl: GetStarIDsFromSIMBADHTML.plの出力から同一天体を抽出するスクリプト。天体IDと天体間距離から同一性チェックを行う。 -- 入力: SIMBAD_IDs, saga_library::simbad_ids -- 出力: SIMBAD_IDs_result[1-4].csv --- &color(blue,yellow){SIMBAD_IDs_result2.csvが最も信頼できる同一天体リストとなる。}; -- 11種類のカタログIDのうち、一つ以上一致する天体の数: 973 -- 天体間距離が1 arcsec以内の星の数: 1314 --- そのうち、0.1 arcsec以上離れている星の数: 6 (大部分は同じHTMLを参照している) --- &color(blue,yellow){J0852+2627とJ0626+6032は新しいファイルで古いファイルを上書きする。それ以外は異なる天体なので、そのまま。}; | Star 1 | Star 2 | Coordinate 1 | Coordinate 2 | Angular distance | 備考 |h | HD219617A | HD219617B | 231705.290 -135054.09 | 231705.331 -135053.51 | 0.83244238743402 | 連星 | | J20560913-1331176 | RAVEJ205609.1-133118 | 205609.112513 -133117.76829 | 205609.1348060632 -133117.690158776 | 0.334399846736292 | HD 358059AB: Star 1が伴星、Star 2が主星 | | J20560913-1331176 | BD-14_5890 | 205609.112513 -133117.76829 | 205609.1348060632 -133117.690158776 | 0.334399846736292 | HD 358059AB: Star 1が伴星、Star 2が主星 | | J20560913-1331176 | GaiaDR3_6888560851915102464 | 205609.112513 -133117.76829 | 205609.1348060632 -133117.690158776 | 0.334399846736292 | HD 358059AB: Star 1が伴星、Star 2が主星 | | J0852+2627 | LAMOSTJ085208.07+262730.1 | 085208.07 +262730.1 | 085208.0758630006 +262730.221138485 | 0.14449119496022 | SIMBAD HTMLの保存時期が異なるため、ファイルの中身が異なる。| | J0626+6032 | LAMOSTJ062647.91+603254.0 | 062647.91 +603254.0 | 062647.8639498630 +603254.378925263 | 0.508852416569807 | SIMBAD HTMLの保存時期が異なるため、ファイルの中身が異なる。| -- 天体カタログと天体間距離の両者から同一であると判定された星の数: 389 -- 両者から同一と判定されたが、異なる天体と同一であると判定された星の数: 52 (おそらく配列順序の違い) -- SIMBAD IDからのみ同一と判定された星の数: 532 -- 天体間距離からのみ同一と判定された星の数: 541 (ほぼ同数なので配列順序の違いと思われる) - 天体一覧をまとめたファイルやMySQLテーブルが散在しており、混乱を招く可能性が高い。集約化を進めた方がよい。 - SIMBADに登録されているカタログ名のカウント一覧 | Catalog | Count |h | 2MASS | 7264 | | SDSS | 505 | | Gaia | 7843 | | Gaia DR1 | 3068 | | Gaia DR2 | 7563 | | Gaia DR3 | 7556 | | TIC | 6111 | | HD | 3042 | | BD | 2787 | | HIP | 3423 | | WISEA | 2784 | | RAVE | 1169 | | G | 1040 | | CS | 1606 | | HE | 716 | | TYC | 4287 | | AP | 438 | *【バグ報告？】登録天体一覧の現状と修正案 (2026/02/12) [#f8207da5] - object_list: かなり前に作ったと思われる登録天体一覧。現在はobject_catalog_MWで代用されているので削除してもよいかもしれない。 - object_catalog: B Entryの天体一覧なのでobject_catalog_LGと改名すべき。 - create_SAGAcatalog.pl, update_SAGAcatalog.plにおいて出力ファイルのtypoがある。 candidate_ojbects -> candidate_objects confirmed_ojbects -> confirmed_objects *【バグ報告、修正済み】MySQLの型が誤って定義されている。(2026/02/12) [#s634f686] - saga, saga_uptestのobject_catalog_MWのObject_Aliasesがtextではなくvarchar(30)となっており、30文字以上格納できなくなっていた。 - &color(blue,yellow){Registration/sqlfiles/object_catalog_MW.sqlで誤って定義されていたので修正した。 }; *【バグ報告】同一天体の抽出が機能していない (2026/02/12) [#zcaa8821] - txt_table_recommended_20260119.tsvで、同一天体が区別されていない。 - 東北大の石川さんにより報告。 recommended dataset の [Fe/H] < -3 の天体を対象に、1 arcsec 以内で座標クロスマッチを行ったところ、同一位置に複数行が対応するケースが比較的多く見つかりました （961 行中、3 行以上が同位置: 11 件、2 行が同位置: 85 件）。 CS22876-032 / CS22876-032A,B のような連星系については理解できるのですが、 例えば ['SDSSJ1522+3055', 'SDSSJ152202.09+305526.3', 'SDSSJ152202.10+305526.3'] のように座標表記精度の違いによるものや、 ['BD-185550', 'BD-18_5550'] のような記名揺れに起因していると考えられるケースも多く含まれているように見えます。 - このバグはにRegistration/create_txt_table.plに関連している可能性が高い。 - Tools/synonym_list_MWでは、少なくとも上記の天体については同一であると記録されている。 * 【作業記録】html_SIMBAD_stored20251117に169天体のbulge starを追加 (2025/11/17) [#ea50285b] - SIMBADのhtmlを保存した。 * 【作業記録】C0008のSunを削除してMakeSynonymList.plおよびMakeObjectList.plの再実行 (2025/11/17) [#n5b11b68] - html_SIMBAD/Sun.htmlが生成されており、中身はSN2020pjjとなっていたのでファイルを削除した。 - C0008にSunが登録されたままになっていたのでCSV fileの直接編集で削除した。 * 【作業記録】MakeSynonymList.plおよびMakeObjectList.plの実行 (2025/11/12) [#a6d9d0af] - cp -p html_SIMBAD_stored20250512/*.html html_SIMBAD/でファイルをコピーしてから実行 -- MakeSynonymList.plでエラー多数。ただし、すべてbulge red giantsのデータ(A0371, da Silveira+18)なので、現時点でカタログを作る必要性は低い。 b6b017!!!!!! ERROR !!!!!! SIMBAD HTML contains multiple candidates for b6b017. -- エラーの記録は&color(blue){Dropbox/astroDB/Tools/Error_MakeSynonymList20251112.txt}; に保存した。 - MakeObjectList.plではエラーは無し。天体名の末尾にアルファベットが付いた怪しげな天体がカタログに登録されているので要注意。C0008にはSunとSN2020pjjが登録されている。 - Synonym天体は現時点では問題はなさそう。ベンチマーク天体をいくつか確認した範囲ではすべてOK。 - Synonym天体のベンチマーク：OK J1036+1212:::J1036+1212,SDSSJ1036+1212,SDSSJ103649.93+121219.8_:_2MASSJ10364992+1212199_:_SDSSJ1036+1212 SDSSJ0929+0238:::SDSSJ0929+0238,SDSSJ092912.32+023817.0_:_SDSSJ092912.33+023817.0_:_SDSSJ0929+0238 - Synonym天体のベンチマーク: NG +-------+-----------------------------+------------+---------+ | Entry | Object | Population | Comment | +-------+-----------------------------+------------+---------+ | +-------+-----------------------------+------------+---------+ * 【作業記録】Gaia DR3を使った座標データの更新 (2025/04/21) [#q70a77b3] - 冨永さんからもらった座標データCoordinate_Tominaga_NTGを基にCSVfile以下のEntry_position.csvを書き換えた。 - 出力先はTools/coord_csv、元データのバックアップはTools/coord_csv/bk_coord - 書き換える座標データが正しいかどうか一件ずつチェックするためにdialog_modeで実行した。 -- オリジナルのCSVファイルとRAが10%以上異なるデータを抽出。誤っている場合は元データを使用。両方とも間違っている場合はNTGデータを修正した。 - 出力データを確認後、CSVfile/以下のEntry_position.csvを差し替えた。 -- ※dbworker:Editor/CSVfile/は差し替えていない。 - SimbadExplorerをtry_again_not_foundをオンにして実行。 -- 全天体8461 starsを調査し、7621 starsがすでにSIMBADデータ取得済み。Not Found ~840 starsのうち、349がuse_position_dataモードで確定、238が複数候補天体として一時保存され、245が検索失敗だった。ignore_listは8件。 -- 検索失敗のうち、約100件はA0402: Venn+20、30弱はA0416: Kielty+21、その他A0443: Li+22, A0461: Nandakumar+22など。座標データはあるので検索失敗はしないはず・・・ * 【備忘録】SimbadExplorerで複数候補天体が検出された場合の登録方法 [#ra40c842] - html_SIMBAD/Multi_Candidates/にhtml一覧が保存される。 -- URL: http://sagadatabase.jp/~suda/Tools/html_SIMBAD/Multi_Candidates/ - リンクの天体名をコピーして、SIMBADの該当する天体のhtmlリンクをたどり、「ファイルを別名で保存」にし、コピーした天体名.htmlで保存しておく。保存先はastroDB/Tools/html_SIMBAD_stored20YYMMDD/としている。 - scpあるいはrsyncでsakura:~/public_html/Tools/にコピーする。 - ディレクトリ以下のhtmlファイルだけをhtml_SIMBADにコピーする。 cp -p html_SIMBAD_stored_20YYMMDD/*.html html_SIMBAD/ * object_catalog_MW生成時の問題点 (2025/04/03) [#r3b01e05] - Tools/READMEを作成、known problemsとして記述。 - MakeSynonymListはhtml_SIMBAD/から天体一覧を読み込むようになっており、誤った天体が登録された場合、そのまま残ってしまう。 -- 長らく誤って登録されていたA0201/BD+26_3578fが該当。"f"は脚注記号の除去忘れ。 - synonym listにBD+26_3578と同一天体として登録され続けてしまうので、html_SIMBAD/BD+26_3578f.htmlを手動で削除。 -- SimbadExplorerで誤った天体が検出されてしまった理由は不明のまま。 * Synonym天体見落とし(2025/03/13) -> 問題なし [#mf2f3bb4] - SDSSJ2357-0052 -- Aoki+13 (A0298), Aoki+10 (A0242) -- &color(blue){object_catalog_MWに登録済み}; * abundance_statisticsの問題点発見 (2025/02/18) [#q5602531] - 複数の論文による組成の平均値、中央値、有力値を求める際にsynonymが反映されていない。例えば、LAMOSTJ131331.18-055212.4, J1313-0552, HE1310-0536は同一天体だが、abundanceの統計値はすべて異なっている。 - また、統計は報告された元素のみが対象となっており、他の論文の結果が反映されていない。例えば、SDSS0126+06とSDSSJ0126+0607は同一天体だが、SDSS0126+06はFE56の集計値に関するレコードが存在しない。 - abundance_statisticsにObject_Primaryのカラムを追加すべきか。 * 検索機能の問題点発見 (2025/02/17) [#gebc9f24] - 検索条件として[Fe/H] <= -4とした場合、この条件を満たすデータのみがSearch Resultの表に記載され、それ以外はデータが存在しないかのように見えてしまう。 -- X軸に[Fe/H] <= -4とした場合、以下のクエリーが発行される。 insert ignore into suda_tmp.tmp_c5c0_x( Entry, Object, xQuantity, xValue, xpDelta, xmDelta, xErrFlag, xPriority ) select a.Entry, a.Object, Quantity, Value, pDelta, mDelta, ErrFlag, Priority from abundance_A09 a inner join suda_tmp.tmp_c5c0_prep1 b Using ( Entry, Object ) where Quantity like "FE56%XbyH" and Value <= -4 and ( ErrFlag is null or ErrFlag = "<" ) and ( pDelta < 1.0 or pDelta is null ) -- このため、tmp_AAAA_xには条件を満たすデータのみが抽出され、後のデータ表示に反映される。 - 正しいアルゴリズムは、Reference solar abundancesとHow to choose representative valuesで指定された太陽組成と複数データの処理方法（デフォルトではAsplund+09とmean of the all reported values）に従ってA(Fe)を参照し、条件（A(Fe) < 3.5）を満たす天体をabundance_statisticsから抽出し、その天体リストをX軸用の一時テーブルに保存するということになるだろう。 -- 現状ではtmp_AAAA_xに条件を満たすデータを出力しているので、天体リストのみを出力する仕様に変更するには大規模な改修が必要になると思われる。検索条件を段階的に処理することになるので、天体リストとデータリストを分けた方が良いかもしれない。obj_xとdata_xといった2つの一時テーブルを生成するのがよいだろうか。 - Plot画面上にどのデータをプロットするべきか、というのは一考の必要がある。実際にプロットするデータは条件を満たすものでないと矛盾してしまう。abundance_statisticsのデータを基にプロットするべきなのか、条件を満たすデータだけをすべてプロットするべきなのか。plot one (subject to priority parameter)にチェックが入っている場合、priorityが最も高いデータが条件を満たしていないということは十分ありうる。ただし、representative valuesをsubject to priority parameterにしておけばこの問題は起こらない。plot oneのオプションとdata representativeの条件を共通にするべきか。 * object_catalog_MWにバグ発見 (2025/02/07) [#tba4c124] - &color(red,yellow){Tools/MakeObjectCatalog.plにSIMBADで見つからない天体が登録されないバグがあった。}; -- 1400天体くらい登録が抜けていたと思われる。 - 修正し、object_catalog_MWを更新した。 * popup作業中 (2024/12/23) [#z2d8be0f] - Table EditorでColumn Definitionの説明をポップアップで表示しようとしたがうまくいっていない。 -- 変更箇所 Trans_Print.pl Trans_Form.pl css_editor/popup_table.css javascript/table_editor_tutorial.js Popup_Manager.pm -- ソースにはcreate_form.plと同じように表示されているが、ポップアップが表示されない。 * synonym objects (2024/10/30) [#y57af40e] - synonymテーブルのObjectCの意味が不明。対応箇所はPrint_StarList.pmの235行目付近より。 # === synonym objects my %synonym; my $tmp = $dbh->selectall_arrayref( "select Object, ObjectC from synonym group by Object " ); my $n_synonym = $tmp? @{$tmp} : 0; print "Number of Synonym Objects: $n_synonym\n"; foreach(@$tmp){ my ($object, $objectc) = ($_->[0], $_->[1]); push @objects, $object; $objects{$object} = $name_converter->db2simbad($object); $synonym{$object} = $objectc; } @objects=sort {$objects{$a} cmp $objects{$b}} @objects; my %other_names; $tmp = $dbh->selectall_arrayref( "select distinct ObjectC from synonym " ); my @objectc = map { $_->[0] } @{ $tmp }; foreach my $objc( @objectc ){ my @obj_syns = ( $objc ); foreach my $obj( sort keys %synonym ){ if( $synonym{ $obj } eq $objc ){ push( @obj_syns, $obj ); } } foreach my $obj( @obj_syns ){ my @tmp_obj = grep $_ ne $obj, @obj_syns; $other_names{ $obj } = join( ", ", @tmp_obj ); #$lg->Debug_vs( "obj = $obj, other_names = ", $other_names{ $obj } ); } } # === synonym objects * データ更新メモ (2024/09/25) [#hf832f33] - 4月に予定していたデータ更新が遅れたので、9月分とまとめてアップデートする。 - 追加するEntry -- 4月予定分: A0470-A0481, A0485, B0177, B0180, B0181 (16) -- 今回予定分: A0445 (未完了), A0446, A0448-A0459, A0461-A0463, A0465, A0467, A0468 (20) - 公開済みのB EntryはB0160まで。 -- 2021, 2022年度分: B0161, B0163, B0164 (未完了), B0166-B0174 (12) ** update_SAGAcatalog.plまとめ (2024/10/02) [#zab813df] - update_SAGAcatalog.plを読み返しているが、データの読み書きが重複しており、無駄が多いかconflictが起こりそう。 -- Assign SAGA ID Modeでは、以下の3つのmethodから登録済みの天体データを読み込んでいるが、前者2つは同一のMySQLテーブルから、3つめはCSVファイルから。 load_synonym_list make_existing_catalog load_csv_ent -- どれも書式が違うが、load_synonym_listが最も単純な構造かつ、読み書きがしやすそう。make_existing_catalogは二重キー+配列リファレンスの値と無駄に複雑。load_csv_entはCSVファイルからEntryのリストを返しているだけなので、Temporary Table Modeの @{ $Lfilelist{ "observation" } }; の縮小版となっている。 --- load_synonym_listで格納されるr_syn_listは天体名の読み込みだけでなく、新規追加された天体の情報を取り込んでアップデートする役割も果たしている。 --- make_exisiting_catalogで格納されるr_exisiting_catalogは読み込み専用であり、新規Entryとの比較および、既存の天体名の参照のみに使われている。r_syn_listでも代用できそうなので、統合するのが良いか。 -- Assign SAGA ID ModeはMySQLからデータを読み込んでいるが、%%Temporary Table Modeが実行された後に実行することを想定しているので、CSVファイルから読み込むのと違いはないのではないか。%% Temporary Table Modeを実行せずにAssign SAGA ID Modeを実行する場合は起こりうるのか。 --- Temporary Table ModeはCSVFile_LG/のデータをまとめたCSVファイル(tmp_object.csv)を生成しているので更新予定の最新データを含んでいる。Assign SAGA ID Modeの前半で読み込んでいるのは既存のデータなので、前回更新時のデータであるobject_catalogテーブルから情報を取得している。 -- 現時点での最新のファイルは、2024/05/29 15:09に生成されたtmp_object.csvで、B0181までのデータを含んでいる。Assign SAGA ID Mode, Upload MySQL Modeはまだ実行されていない。 * さくらVPSのOSアップデート (2024/09/24) [#o4dacbde] - CentOS 6 -> CentOS Stream 9 ** サーバーバックアップ [#u49868d1] - MySQLのバックアップ ~/public_html/Tools$ ./clear_session.pl mysqlsump -u suda -p --all-databases -> saga_all20240924.sql * sakuraのバックアップを取得した。(2024/06/18) [#s69781db] - home, logをsakuraからsodiumにコピーした。 - var/log/httpd/error_log-202X01 (X=2,3,4,5)を削除し、空き容量が2.6Gから11Gに増えた。 * SimbadExplorer, MakeSynonymListの改良。(2024/05/21) [#of88e4a8] - SIMBAD IDでMW天体の検索を実行し、HTMLファイルを保存するとともに、SAGA IDとSIMBAD IDを紐付けるMySQL table (saga_library::saga2simbad) を自動生成するようにした。 -- 次回はsaga2simbadに載っていない天体だけを検索し、SIMBAD IDが同一かどうかを基準にSynonym Listを作成するとよい（&color(red,yellow){現時点で未実装};）。 - SimbadExplorer, MakeSynonymList, MakeObjectListを実行。SIMBADのバージョン表記は&color(blue,yellow){SIMBAD4 1.8 - 2024-02};。 * Gaia Photometryについて (2024/02/21) [#t8ed04d2] - A0473採録時にGaia EDR3に基づくphotometryのデータがpublishされた(Table 1)。Captionの記載は &color(blue){"the G and BP-RP from Gaia EDR3;"}; となっている。 - A0407採録時にGaia DR2 photometryとしてG, BP, RPを追加した(2022/02/24)。 - Gaia EDR3のphotometryについてはRiello et al. 2021, A&A, 649, A3に詳細が書かれているが、DR2と別に辞書登録すべきかどうか判断ができない。filterは同じだが解析方法が違う? Figure 14に誤差の違いが表示。Table C.1, C.2に他のphotometric systemへの変換が記載されている。 - 変換公式の違いをチェックするか、実際のデータを比較することで同じかどうかは確認可能と思われる。 - &color(blue,yellow){暫定的な措置としてGBP-GRPを辞書登録した。このcolor indexはGaiaのversionの違いを想定しておらず、今後のGaia photometryの情報次第で変更の可能性がある。}; * LAMOST-Subaru project-based databaseの更新(2023/11/02) [#c767d829] - Hainingからもらったデータを登録したバージョンには中性子捕獲元素のデータが載っていたが、出版予定のため、公開版から削除する。出版データから採録し直して更新した。 -- 更新前後の組成データはそれぞれabn_old、abn_newとして保管してある。[Fe/H], log-e(Li), [X/Fe] (Fe, Li以外)のデータを残し、比較のため、NlineもNULLにしてある。 -- 以下のコマンドで新旧データの比較が可能 select * from abn_old as o left outer join abn_new as n on o.Entry = n.Entry and o.Object = n.Object and o.Quantity = n.Quantity where n.Entry is null order by o.Quantity; * アクセスログ作成時の注意(2021/09/20) [#a0feb489] - webalizer使用時には無関係のログを削除する必要がある。特にDoS攻撃っぽいログが大量に残っている。Log2/clean_log.plを実行することで、無関係なログのカウント+除去と関係するログのカウントが表示される。出力は入力ログファイル+"_mod"。例えば、以下の手続きでログを生成する。 > ./clean_log.pl > webalizer access_log_mod * 天体名のエイリアス作成のためのSimbad_Explorer.pl実行 (2021/04/02) [#d1607d2e] - html_SIMBADを新規作成した。SIMBADの表記バージョンは2012年ではrel. 1.189、2021年4月ではrel. 1.7となっている。 * SAGA-Gaia crossmatch (2020/04/23) [#t3ce4870] - 松野君の解析ログ https://nbviewer.jupyter.org/urls/dl.dropbox.com/s/jq3sg5moryzf3wz/180419match_to_2MASS_GAIA.ipynb * 天体名のエイリアス作成と同一天体のチェックについて(2020/01/27, 2021/04/02) [#g618e68d] - Lib/alias.csvを9年ぶりに更新した。 -- Lib/alias.csvはTools/CheckSynonym.plを実行することでhtml_SIMBAD/のhtmlを参照し、Identifiers:の一覧が出力される。 -- SDSSJ144256-001542 (A0282: Caffau et al. 2013)とSDSSJ144256.37-001542.8 (A0365: Bonifacio et al. 2018)は同一天体。(Tilmanからのfeedback) - Milky Wayの天体の同一性チェックはRegistration/List2SQL::replace_object_nameからLib/PrimalName::GetPrimalNameの呼び出しで行われる。 * データベースロゴ(2019/04/16) [#j4fc9130] - SAGAデータベースのロゴ &ref(saga-logo05p.pdf); - プレゼン等では5段目右端のものを使用している。 * Webalizerの使い方(2018/10/12 -> 2020/10/24改訂) [#iaf8626f] - ログファイルは以下に設置。 /home/suda/public_html/Log2/ - 上のディレクトリに移動して以下のコマンドを実行。webalizer.confを読み込む。 %> webalizer [access_logファイル名] - 201810から202009までログが削除されてしまった。logrotateをmonthly, 120として10年間保存できる設定に変更しておいた。ログファイルの場所 /var/log/httpd/access_log - ログへのアクセス。空白期間があるのでindex.htmlはしばらく作られない。 -- [[index.html:http://sagadatabase.jp/~suda/Log2/index.html]] -- [[2020年9月:http://sagadatabase.jp/~suda/Log2/usage_202009.html]] * 検索システム改良案: 連星が確認されていない星の検索(2018/10/01) [#ycdff888] - Binarityが確認されていない天体を抽出するオプションが必要。CEMP-noでbinaryでないものを抽出したい場合などに有用。Tilmanからの質問で要望があった。 * MWの更新データをLGのデータにコピーする方法(2018/09/20) [#h946b847] - Copy_MySQLData.pmを作成した。registration.plから呼び出し可能。コピー元のデータベース(saga_uptest)とコピー先のデータベース(saga_LG_uptest)を指定してすれば良い。 -- &color(blue,yellow){Entry IDの設定(A, C: MW, B: LG)はCopy_MySQLData.pmでローカル変数として定義してあるのでIDの追加や変更がある場合は注意が必要。}; * position dataのアップデート(2018/09/03) [#m563ab90] - Gaia DR2のデータをエディタの位置座標に反映させるためのスクリプト Position/create_position.pl -- make_position_data, backup_position_data, copy_position_dataからなる。バックアップは以下に保管。 Position/bk_Position/ - アップデート実行済み。 -- List2CSV, CSV2Ascii, Make_PositionData, Get_Positionを実行。 -- Registraionがリポジトリに登録されていなかったのでimportし直した。 -- CSV2Ascii実行時にOutput/abundance_A09.csvを参照するのでバックアップからコピーする必要がある。 -- Make_PositionDataはpositionテーブルにアクセスするのでList2CSVを事前に実行する必要がある。 * IAU Symposium 344のためのデータ更新確認(2018/08/15) [#e9a5f27f] - B0148: Mg, Fe, S abundances for 86 stars in Sculptor - B0149 (未チェック): Ti, Fe, Zn abundances for 101 stars in Sculptor - B0150: 13 elements for 3 stars in Horologium - B0152 (未チェック): Fe, Y, Eu, Ba abundances for 10 stars in Draco - B0153: 1 star in Reticulum II - B0154: 18 elements for 7 stars in Tucana II - B0155: C, Fe, Ba for 109 stars in Sculptor * 天体データ、論文データ、一覧データの格納場所を整理した。(2018/06/13) [#e271a5ec] - Data/html, Data/images, starlist.html, txt_table.tsvの管理場所が一貫しておらずデータが分散して保管されていた。 - starlist.htmlの置き場所を変更した。 -- $SAGA_HOME/List/starlist.html -> $SAGA_HOME/[検索システム開発用ディレクトリ]/Data[_LG]/starlist.html - ただし、Registration/Print_StarList.pmでのデフォルトの出力先は以下。古いデータも以下にstarlist_YYYYMMDD.htmlとして保管。 $SAGA_HOME/Data/starlist.html - 公開用starlist.html /var/www/html/Data/starlist.html - 天体データ、論文データのHTMLファイルの管理場所 -- データベースのバージョンによって異なるのでバージョン毎に保管場所が異なる。公開用は一箇所に集約。 $SAGA_HOME/[検索システム開発用ディレクトリ]/Data[_LG]/ -- 古いデータはhtml_YYYYMMDD, images_YYYYMMDDとして以下に保管 $SAGA_HOME/Data[_LG]/ - 公開データの保管場所 /var/www/html/Data/ /var/www/html/Data_LG/ - 全データのtsvファイルの設置場所 -- 最新のデータベース(MW+LG)を反映しているので一つだけで良い。古いデータはtxt_table_YYYYMMDD.tsvとして以下のディレクトリに保管。 -- txt_table.tsvは誤差情報を含んだデータ。txt_table2.tsvは誤差情報を含まないデータ。 $SAGA_HOME/Data/txt_table[2].tsv /var/www/html/Data/txt_table[2].tsv * 既存のデータベースを整理した。(2018/06/08) [#rf3d56b9] - saga_LG2, saga_LG3を削除。 * 座標データ更新前のチェック(2018/06/01) [#k5bd020d] - 松野君による座標データの更新を反映させるために既存のデータとの比較を行うスクリプトを作成した。 /home/dbworker/public_html/Editor/CSVfile/check_position.pl - 以下の2つのディレクトリを比較 (1) /home/dbworker/public_html/Editor/CSVfile (2) /home/matsuno/public_html/Editor/CSVfile (1)はSAGAの最新版データで、(2)は松野君が入力したデータで /home/dbworker/public_html/Editor/CSVfile_Matsuno に変更。 - スクリプトでは両方向の処理をしている。 - (1)のデータを調べて(2)に対応するものを探す。 -- すでに入力済のデータについて松野君のデータで上書きされるかどうかを調査。 -- 変更のあるレコードと無いレコードを確認。 - (2)のデータを調べて(1)に入っていないものを探す。 -- 新規レコードの一覧を取得。 - 出力ファイルは以下の2つ。/home/dbworker/public_html/Editor/CSVfileに出力。 -- compare_position.txt: 両者の詳細な比較情報。 -- compare_summary.txt: 比較の統計情報。 * HTMLデータの改善点(2018/03/29) [#vb8e08a7] - adopted solar abundancesの表示。 - 座標データの書式。 - Entry表示の削除。 - Stellar parameters, Binary parameters, Observing logなどで単位の表示。 * エディタでADS Linkが開けない。(2018/02/10) [#cd53b320] - Firefoxを使っているとエディタのADS Linkが開けない。Safariでは動作する。ただし、リンク先をADS以外のサイトにすると動作する。Firefoxのセキュリティ対策の問題なのか、どこかでADSを新規タブで開けないように設定してしまったのか不明。 * Editor, Listのバグ修正。(2018/02/10) [#j638af2f] - yamlファイルを開くようにすると相対パス指定になっていたため、動作しなくなっていた。 -- yamlを利用するモジュールにはコンストラクタでモジュールへのパスを引数として渡すように設定。 * 天体名の修正。(2018/01/12) [#f759d956] - 松野さんによる指摘(2017/10/03のメール)。 A0191 CD-45_1317 -> CD-45_13178 (2018/01/12) A0191 BD-40_1175 -> CD-40_11755 (2018/01/12) A0191 BD-65_253 -> CD-65_253 (2018/01/12) A0137 の25天体 BD-XXX -> CD_XXXX, BD-27_666 -> CPD -27_666 (2017/10/31) BD-35_360 BD-61_282 BD-68_74 BD-69_109 BD-60_545 BD-47_1087 BD-26_1453 BD-57_806 BD-65_253 BD-59_1024 BD-33_3337 BD-57_1633 BD-45_3283 BD-25_9024 BD-37_8363 BD-38_8457 BD-56_5169 BD-45_8786 BD-57_6303 BD-59_6824 BD-45_13178 BD-28_17381 BD-39_7674 BD-48_4818 BD-27_666 A0126 HDSAO134948 -> BD-01_1792 (2017/10/31) A0135 BD-80_328 -> CD-80_328 (2017/10/31) C0003 II47 -> IV47, II72 -> IV72 (2018/01/12) * Data_Axis.pm改変メモ(2017/12/21) [#s1ad2fc3] - Data_Axis.pmの変数をグローバル変数から一部をセッション変数に変更したので、残りも全てセッション変数(%axis_data)に取り込めるはず。 * HTTP通信エラー(?) (2017/12/18) [#v4ee2fe9] - データの書き出しを行わずにプロットだけを行うとブラウザの表示が途中で途切れてしまう。 - waitとsleepコマンドで時間調節を行うことで一時的に不具合を回避しているが、スクリプトが二度読み込まれる問題が残る。 -- プロセスの遅延をdb.cgiの最終行近くに持って行くことで弊害は最小限に抑えられるが、要注意。 * 連星の表記方法の違いによる紛らわしい天体ID (2017/10/31) [#m87e0f0b] - 以下の天体はA, B表記有り無しの両方が登録されている。 HD113083[A,B] CS22876-032[A,B] CS22873-139[A,B] HD219617[A,B] G166-45[A,B] CS22949-008[a,b] HD106516[A] HD114710[A] HD115383[A] HD142860[A] HD170153[A] HD19373[A] HD208906[A] HD212029[A] HD219623[A] HD33632[A] HD34411[A] HD35296[A] HD59984[A] HD89125[A] HD91889[A] G95-57[B] * 座標の精度が不足、あるいは間違っている論文 (2017/10/31) [#z8a8004b] - 以下の論文は座標データが原論文に表記されているにもかかわらず、その値がSIMBADのものとズレが大きかったり、そもそも間違っている。 A0108 (Sivarani+06): 論文中Table 1にはJ2000と表記されているが、座標の値がSIMBADのものと大きくずれている。原因不明。 A0191 (Charbonnel+Primas05): VizieRのRA, Dec (degree)から採録していた。 A0259 (Gehren+06): J2000のデータがTable 1に与えられているが、SIMBADの値と少しずれている。 A0273 (Ishigaki+12): Table 3に座標データが与えられているが、J2000かどうかは不明。SIMBADの値と少しずれている。 C0011 (Venn+04): 座標データをどこから取得したのか不明。wiki、メール、Editorに記録が残っていない。採録担当者は山田さん。 * Webalizerのバージョンが変わったせいか、ログの解析結果が以前と異なる。(2017/10/24) [#nac58349] - 月毎の全体ファイルアクセス数、Hit数、訪問者数が微妙に変化、国別のアクセス数も変化している。 - 特にUSAからのアクセス数が大幅に減少しているが、おそらくより現実的な数値になっていると考えられる。減った分の大部分は新しい区分のCommercial (com)に分類されたものと思われる。 * 座標データで無効なレコードを消去した。(2017/09/21) [#h2ee5a64] - Tools/remove_position.plを作成、実行。 -- スクリプトの実行結果はTools/Result_of_remove_position.txtに記録。 - 結果は/home/suda/public_html/CSVfile_20170921に置いてある。 -- &color(blue,yellow){既存のCSVfileとdbworkerにあるオリジナルのデータを手動で編集、削除した。また、subversionのリポジトリも変更してcommitした。}; * Priority parameterの計算に必要なResolutionが採録されていない論文。(2017/08/21) [#a3bd767b] - 以下のqueryで確認。 select * from misc where Resolution is null and Facility is null; - A0083: Garcia-Perez et al. 2006 (2017/08/21入力) - A0095: Frebel et al. 2006 (Not Compiled) - A0120: Lucatello et al. 2006 (Not Compiled) - A0173: Christlieb et al. 2008 (Not Compiled) - A0190: Smiljanic et al. 2009 - A0191: Charbonnel & Primas 2005 - C0011: Venn et al. 2004 * [Fe/H] > -2.5の星のみのため採録していなかった論文。(2017/08/21) [#kdf792e6] - A0211: Nissen & Schuster 1997 - A0219: Kraft et al. 1992 - A0227: Cui et al. 2010 - A0228: Zhang et al. 2010 - A0233: Roederer et al. 2010 - A0234: Goswami & Aoki 2010 - A0238: Caffau et al. 2010 - A0248: Bonifacio et al. 2011 - A0256: Jonsson et al. 2011 (Compiled) - A0258: Gehren et al. 2004 - A0289: Li et al. 2013 (Compiled) * SEGUE I, IIの名称変更(2017/05/27) [#p2d4b3bb] - SEGUE I [II] -> Segue 1 [2]に修正。 mysql> update abundance_A09 set Object = REPLACE( Object, "SegII", "Seg2" ); Query OK, 89 rows affected (1.24 sec) Rows matched: 318149 Changed: 89 Warnings: 0 mysql> update atmosphere set Object = REPLACE( Object, "SegI", "Seg1" ); Query OK, 56 rows affected (0.18 sec) Rows matched: 47941 Changed: 56 Warnings: 0 mysql> update star_A09 set Population = REPLACE( Population, "SEGUEII", "SEGUE2" ); Query OK, 10 rows affected (0.02 sec) Rows matched: 17553 Changed: 10 Warnings: 0 * create_SAGAcatalog.plのsortに関するバグ(2017/04/27) [#i284c07a] - 同一天体を確認する時はDecl, Yearの順にソートしていたが、IDを割り振る時はYear, Declの順にソートしなくてはならない。 - Declはvarchar(20)なのでorder byを使っても正しくソートされず、同一天体の確認に漏れが生じている。&color(blue,yellow){"order by 0 + Decl"}; とするとvarcharがfloatに変換されて正しくソートされる。 * 確認済み同一天体の一覧を読み込む機能の実装(2017/02/20) [#oe655de4] - Registration_LG/IdenticalObjectsに一覧を記述。 - create_SAGAcatalog.plにcheck_confirmedを実装。 * 検索時に同一データと見なすべき論文の組み合わせ(2017/01/20) [#z60b0d2c] - B0099 Aden+09とB0115 Koch+13 * 星同定プログラムのテスト(2016/12/08) [#s1f800db] - create_SAGAcatalog.plのパラメターチェック: COLOR(RED){別天体のはずだが、距離が近いため同一視されてしまう天体。} -- Draco-587586 (B0123, Kirby+15) & Dra588255 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 7.264 sec --- Draco-587586 => [BFO2002] Dra 21171 --- Dra 588255 => 2MASS J17205663+5751570 -- Draco-597073 (B0123, Kirby+15) & Dra597940 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 5.206 sec --- Draco-597073 => [BFO2002] Dra 10867 --- Dra 597940 => [BFO2002] Dra 11748 -- Draco-615574 (B0123, Kirby+15) & Dra615648 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 9.491 sec --- Draco-615574 => [BFO2002] Dra 10351 --- Dra 615648 => [BFO2002] Dra 10971 -- UrsaMinor-Bel30963 (B0123, Kirby+15) & UMiBel30175 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 7.319 sec --- UMi 30963 => [BFO2002] UMi 30963 --- UMi 30175 => 2MASS J15094819+6720179 -- 227 (B0029, Kirby+09) & Scl1012268 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 9.255 sec --- 227 => SCMS 358 ([KGB2009] J010011.2-333803) --- Scl 1012268 => [WMO2009] Scl-1324 -- Sculptor-1014192 (B0123, Kirby+15) & 283 (B0029, Kirby+09), d( ang ) = 7.639 sec --- Scl 1014192 => 2MASS J01001911-3340074 --- 283 => &color(green,yellow){[MFW2011] 3087 ?}; -- Sculptor-1011587 (B0123, Kirby+15) & 201 (B0001, Kirby+09), d( ang ) = 8.860 sec --- Scl 1011587 => [KGS2010] Scl 1011587 --- 201 => &color(green,yellow){[MFW2011] 1194 or [V78] 448 -- Variable Star}; -- Sculptor-1010320 (B0123, Kirby+15) & Scl1010229 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 5.121 sec --- Scl 1010320 => 2MASS J01000098-3341359 --- Scl 1010229 => [MFW2011] 1057 -- Sculptor-1011873 (B0123, Kirby+15) & Scl1011955 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 4.677 sec --- Scl 1011873 => [MFW2011] 1107 --- Scl 1011955 => [MFW2011] 1106 -- Fornax-56106 (B0123, Kirby+15) & For56884 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 7.682 sec --- For 56106 => [KGS2010] For 56106 --- For 56884 => [KGS2010] For 56884 - COLOR(RED){距離は離れているが、同一天体の可能性が高い天体。注意深く確認する必要がある。} -- Boo-007 (Feltzing+09) & Boo-7 (Norris+10), d( ang ) = 7.734 --- Boo-007 => 7.59 sec distant --- Boo-7 => 2MASS J13593551+1420237 -- Boo-117 (Feltzing+09) & Boo-4 (Martin+07), d( ang ) = 7.132 --- Boo-117 => 2MASS J14001049+1431454 (7.16 sec distant) --- Boo-4 => IDなしだが、SIMBADではradial velocity = 98.2 km/s from Martin+07 -- Boo-094 (Feltzing+09) & Boo-94 (Norris+10), d( ang ) = 7.428 --- Boo-094 => 7.41 sec distant --- Boo-94 => 2MASS J14003150+1434034 -- CVnI-168 (Martin+07) & CVnI542-1159 (Kirby+10), d( ang ) = 7.150 &COLOR(RED,YELLOW){別天体}; --- CVnI-168 => [KGS2010] CVnI 542 1166 (同一天体確認済み) --- CVnI542-1159 => [KGS2010] CVnI 542 1159 -- Sex623 (Kirby+10) & sext-025 (Battaglia+11), d( ang ) = 9.407 &COLOR(RED,YELLOW){別天体}; --- Sex623 => [WMO2009] Sex-530 --- sext-025 => [BTH2011] 25 (Sex514: Kirby+10と同一天体) -- For54523 (B0001, Kirby+10) & Fornax-413 (Pont+04), d( ang ) = 8.533 &COLOR(RED,YELLOW){別天体}; --- For54523 => [WMO2009] For-1181 --- Fornax-413 => 2MASS J02394647-3428206 -- LG04c_000951 (Koch+08) & Carina-Car13 (Fabrizio+15) d( ang ) = 7.593 --- LG04c_000951 => 7.53 sec distant --- Carina-Car13 => 2MASS J06395579-5057365 * 採録が不要な文献のリスト(2016/10/18) [#k67b503c] - B0104: Fabrizio et al. (2012, PASP) -- B0127: Fabrizio et al. (2015, A&A)で同じFe Iのデータが使われている。ただし、Fe IIはB0127では採録されていない。 * 採録が必要な文献のリスト(2016/10/18) [#if7b34da] - A0266: Fabbian et al. (2009) -- 以前に竹田さんから指摘あり。Placco et al. 2016でも引用あり。 - B0113: Aden et al. (2009) -- photometryだけでなく、spectroscopyもあり。 - B0115: Koch et al. (2013) -- log-e(Ba)をEWから決定。abundance以外は入力済み。3 sigma dataを採録すべきか。[Fe/H]と[Ca/H]もついでに？ * 星座名の略称(2016/10/03) [#i1769f73] - [[Constellation abbreviation:http://www.astro.wisc.edu/~dolan/constellations/abbrevs.html]] * 作業メモ(2016/08/02) [#b3369766] - data_sameとdata_anyを実装。element speciesも選択できる仕様にしたはずが、うまくいっていない。今後の課題としておく。 -- Search_Mode.pm, L754 * 検索改良時のメモ(2016/07/29) [#i66fff40] - data_choice: data_same -- 同一論文からのデータのみをプロット。複数ある場合もプロットして同じ天体を線で結んで表示。ただし、検索結果一覧からプロットするデータを選び直すことはできない。 -- 最終結果のテーブル(tmp_ID_1)にEntryを含む。 - data_choice: data_any -- 同一論文からでなくてもデータをプロット。プロットするデータは一天体につき一つ。検索結果一覧からプロットするデータを再選択することができる。 -- 優先順位のオプションとして同一論文を優先するか、内部の優先順位に従うかを選択可能にする予定だが、前者のオプションは技術的にかなり困難。 -- 最終結果のテーブルにEntryを含まない。 * 検索アルゴリズム改良中(2016/07/08) [#beda5d82] - 一つの天体の一つの元素に対して複数の測定値がある場合のテーブルの表示、プロットの方法。 &ref(Debugging_CS22948-027_20160708.png); * Stored function (2016/05/31) [#g9271b45] - レコード内の文字列を指定されたデリミタで分割して必要な要素を取り出す。 -- SPLIT_STR( string, delimiter, position ) - 参考にしたサイト https://blog.fedecarg.com/2009/02/22/mysql-split-string-function/ * データ入力漏れ [#c9718454] - A0240 Sbordone et al. (2010) * データ入力要修正箇所 [#ebee62a9] - Reddy+06 - HD78558: &color(red){Teff=554}; * Editorバグ [#r06fceba] - Table editorで"delete nth column"が機能しない。 * 緊急で採録すべき論文(2016/04/25) [#gf39e1dc] - B0104 -- NLTE Fe abundances only.採録不要。 - B0119 -- 353 stars with R~16,000. Fe, Mg, Si, Ti abundances using CaT method. - B0128 -- Segue2 with DEIMOS (R~7,000). Fe, Mg, Ca, Ti abundances for 9 stars. - B0129 -- 5 stars with UVES (R~40,000). - B0130 -- 94 stars with VIMOS (R~1,100). Fe, C, N, (O) abundances. * SAGA Catalog作成(2016/04/18) [#gb261e82] - 2天体間の距離を計算するスクリプトを作成。結果はCatalog/Object_Identification/以下に出力。 - やや距離が離れているが同一天体とされた天体のリスト。confirmed_objectsより抜粋。 ---------- [ 411] ---------- distance = 2.637, d( V ) = 0.109 B0001 UMiBel20103 150957.55 +670927.7 18.301E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 B0107 UMi20103 150958 +670928 18.41 E.N.Kirby+,AJ, 144, 168, 2012 ---------- [1267] ---------- distance = 1.115, d( V ) = 0.009 B0006 ET0107 024019.29 -343611.5 18.625 G.Battaglia+,, 459, 423, 2006 B0048 Fornax-805 024019.25 -343612.50 18.634 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 ---------- [1282] ---------- distance = 1.026, d( V ) = 0.040 B0006 ET0126 024000.68 -343804.5 18.68 G.Battaglia+,, 459, 423, 2006 B0048 Fornax-816 024000.72 -343805.40 18.72 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 ---------- [1318] ---------- distance = 2.836, d( V ) = 0.040 B0037 LG04a_001556 064217 -505555 17.82 A.Koch+,AJ, 135, 1580, 2008 B0102 Car-705 064217.3 -505555 17.78 K.A.Venn+,ApJ, 751, 102, 2012 - 同一天体候補であったが、確定しなかった天体。一部の同一論文天体の場合を除く。candidate_objectsより抜粋。 [205] ## Not Identical ## # Same Entry, distance = 0.0000：【同一座標、同一論文】 Entry: B0057, Population: CANESVENATICI, Object: CVnI-123, V = --- arcsec = 0.0800106694299995 Entry: B0057, Population: CANESVENATICI Object: CVnI-179, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0057 CVnI-123 132811.71 +333407.8 ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007 B0057 CVnI-179 132811.71 +333407.8 ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007 [213] ## Not Identical ## # Same Entry, distance = 0.0000：【同一座標、同一論文】 Entry: B0057, Population: CANESVENATICI, Object: CVnI-118, V = --- arcsec = 0.0800165394743684 Entry: B0057, Population: CANESVENATICI Object: CVnI-164, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0057 CVnI-118 132734.95 +333430.6 ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007 B0057 CVnI-164 132734.95 +333430.6 ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007 [697] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 2.385 > 1.000, distance = 2.3852 Entry: B0029, Population: SCULPTOR, Object: 162, V = --- arcsec = 0.0801067257127197 Entry: B0001, Population: SCULPTOR Object: Scl1010568, V = 17.967 arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0029 162 010002.4 -334020 ---E.N.Kirby+,ApJ, 705, 328, 2009 B0001 Scl1010568 010002.22 -334020.8 17.967E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 [1092] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 2.427 > 1.000, distance = 2.4270 Entry: B0123, Population: FORNAX, Object: Fornax-61318, V = --- arcsec = 0.0807948127802151 Entry: B0001, Population: FORNAX Object: For61117, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0123 Fornax-61318 023952.73 -342352.0 ---E.N.Kirby+,ApJ, 801, 125, 2015 B0001 For61117 023952.54 -342352.6 ---E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 [1098] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.161 > 1.000, distance = 1.1610 Entry: B0009, Population: FORNAX, Object: BL081, V = --- arcsec = 0.0807997747971416 Entry: B0048, Population: FORNAX Object: Fornax-218, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0009 BL081 023956.01 -342410.5 ---B.Letarte+,AAP, 523, A17, 2010 B0048 Fornax-218 023956.04 -342411.60 --- F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 [1154] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.117 > 1.000, distance = 1.1174 Entry: B0048, Population: FORNAX, Object: Fornax-409, V = 18.882 arcsec = 0.0808713407352789 Entry: B0001, Population: FORNAX Object: For61505, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0048 Fornax-409 023952.80 -342836.80 18.882 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 B0001 For61505 023952.89 -342836.9 ---E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 [1269] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.027 > 1.000, distance = 1.0266 Entry: B0123, Population: FORNAX, Object: Fornax-91907, V = --- arcsec = 0.080980439897913 Entry: B0048, Population: FORNAX Object: Fornax-803, V = 18.796 arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0123 Fornax-91907 024021.49 -343520.9 ---E.N.Kirby+,ApJ, 801, 125, 2015 B0048 Fornax-803 024021.45 -343521.80 18.796 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 [1282] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.100 > 1.000, distance = 1.1000 Entry: B0001, Population: FORNAX, Object: For74388, V = --- arcsec = 0.0809999420561094 Entry: B0048, Population: FORNAX Object: Fornax-812, V = 18.484 arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0001 For74388 024004.99 -343632.9 ---E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 B0048 Fornax-812 024004.99 -343634.00 18.484 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 [1328] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.045 > 1.000, distance = 1.0447 Entry: B0102, Population: Carina, Object: Car-524, V = 17.63 arcsec = 0.105599630417345 Entry: B0127, Population: Carina Object: Carina-Car25, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0102 Car-524 064114.6 -505110 17.63 K.A.Venn+,ApJ, 751, 102, 2012 B0127 Carina-Car25 064114.71 -505110.08 ---M.Fabrizio+,AAP, 580, A18, 2015 [1331] ## Not Identical ## # |V(1) - V(2)| = 0.840 > 0.400 mag, distance = 0.3531 Entry: B0043, Population: Carina, Object: LG04a_001875, V = 18.9 arcsec = 0.105675921113339 Entry: B0065, Population: Carina Object: MKV0596, V = 18.06 arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0043 LG04a_001875 064118.01 -505311.19 18.9 A.Koch+,AJ, 131, 895, 2006 B0065 MKV0596 064118.04 -505311.40 18.06B.Lemasle+,AAP, 538, A100, 2012 [1333] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.423 > 1.000, distance = 1.4230 Entry: B0102, Population: Carina, Object: Car-612, V = 17.82 arcsec = 0.1056909270686 Entry: B0127, Population: Carina Object: Carina-Car19, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0102 Car-612 064058.6 -505335 17.82 K.A.Venn+,ApJ, 751, 102, 2012 B0127 Carina-Car19 064058.46 -505335.52 ---M.Fabrizio+,AAP, 580, A18, 2015 * Google Analyticsインストールに挑戦中(2015/05/16) [#o8913ed4] - トラッキングコードのインストールに失敗 <script> (function(i,s,o,g,r,a,m){i['GoogleAnalyticsObject']=r;i[r]=i[r]||function(){ (i[r].q=i[r].q||[]).push(arguments)},i[r].l=1*new Date();a=s.createElement(o), m=s.getElementsByTagName(o)[0];a.async=1;a.src=g;m.parentNode.insertBefore(a,m) })(window,document,'script','//www.google-analytics.com/analytics.js','ga'); ga('create', 'UA-63053414-1', 'auto'); ga('send', 'pageview'); </script> * 練習用エントリー(2015/04/16) [#t915bd0e] - A0314 - A0313 - A0165: Boesgaard+99, online data available now - A0256: [Fe/H] > -2.5, but includes [Fe/H]~-2.3 * MySQLでファイルを読み込んでテーブルに登録する場合の注意点(2014/05/22) [#c9510bf9] - MySQLのセキュリティ対策の影響で&color(red){load data infile};でエラーが生じる。 -- &color(red){load data infile};だとファイルが存在しないというエラーが発生。 -- &color(red){load data local infile};だとこのバージョンではこのコマンドは許可されないというエラーが発生。 -- &color(blue){--enable-local-infile};オプションをつける事でエラーを回避できる。 mysql --enable-local-infile saga_debug -u suda -p < List_Object.sql * dSph検索改良(2014/02/21) [#w6a70b50] - 検索トップで検索対象の銀河を選択できるように改良した。 - Temporary_Table.pmにRetrieve_Orを追加。これまではAND検索のみしか実装していなかったのでOR検索も導入した。 -- &color(red){Retrieve_Orは引数へのアクセスを許可しているイレギュラーなメソッドであるので注意。}; * データ書き出し&プロットテストスクリプト(2014/02/20) [#fdc35989] - test_srba/Search_Mode.pm, L197以降にデータとプロットスクリプトを書き出すテストスクリプトを追加した。 -- このスクリプトは同一論文からのデータを優先的に選択する機能を盛り込んである。 -- [Fe/H], [X/Fe], [Y/Fe], [X/Y]の場合にのみ対応しており、軸選択に対する汎用性はまだ実装していない。 - 結果はtest_plot以下にまとめて置いてある。READMEに詳細を記述してある。 * Local Group自動プロットの結果 [#m7c33d57] - result_auto_plot1.pdf: 試作版。すべての登録データを使用。データ点20以上のみを抽出。ただし、組成は[X/Fe]のみ。B0031に誤りあり。1133ページ。 - result_auto_plot2.pdf: 試作版2。すべての登録データを使用。ただし、組成は[X/Fe]のみ。B0031に誤りあり。1152ページ。 - result_auto_plot3.pdf: 物理量を抽出。組成は[X/Fe], [X/H], log-e同士の相関を含む。B0031のデータ修正済。1420ページ。 - result_auto_plot4.pdf: 同上。R>5000のデータのみ抽出。1374ページ。 Number of data >= 20: 1374, >= 50: 758, >=100: 355 - result_auto_plot5.pdf: R>5000、かつupper limitを除いたデータのうちデータ点が50以上のもののみを抽出。605ページ。 * Local Groupのデータ登録時の注意。（最終更新2013/08/21） [#zc211ffb] - 以下のスクリプトを動かしてB0001の種族データを変更する。MySQLからデータを取得するのでCSVファイルに変更があった場合は一度登録してからスクリプトを動かす必要がある。 %> $SAGA_HOME/Registration_LG/rewrite_population_B0001.pl - ファイルをコピー。 %> mv $SAGA_HOME/Registration_LG/B0001_observation_rev.csv $SAGA_HOME/CSVfile_LG/B0001/B0001_observation.csv - 最後にデータの登録作業を開始。 %> $SAGA_HOME/Registration_LG/registration.pl - Data_RatingのClassification::Update_Commentを実行するとobservationテーブルのレコードが削除されてしまう。 -- 原因は不明だが、Classが定義されないためと考えられる。 -- 当面の対処法は一度登録した後で再度List2SQLのみを実行する。 * SAGAプロット自動生成スクリプト（最終更新2013/08/16） [#ccd3fd9d] saga:/home/suda/public_html/Data_Mining/ - 検索システムを自動実行 - test_allリビジョン886をコピー * Previous versionのプロットが出来ない。(2013/06/03) [#bd7cd30b] - 原因不明。 * Keele mirrorアップデート用依頼メールテンプレート(2012/08/06) [#naed4155] Dear Barry, I would like you to update the SAGA database by running the following commands on forum. % mysql -u root -p < /home/html/saga/backup/bak120806_saga20120806.sql % mysql -u root -p < /home/html/saga/backup/bak101104_saga20101031.sql % mysql -u root -p mysql> grant select, insert, update, delete, create, drop, references, index, alter on `saga20101031`.* to suda@localhost; mysql> grant select on `saga20101031`.* to saga_user@localhost; mysql> flush privileges; Thank you very much in advance for your help. Regards, Takuma * dokuwikiアップデート方法(100118,101031) [#ubc8dc2b] - 厄介なので注意。 - http://www.dokuwiki.org/ja:install:upgrade - 1.現在稼働中の Wiki 全体のバックアップを取る。 -- バックアップは/mnt/work4/dbworker/bak/public_html/に自動的に取られているので特に必要はない。 - 2.http://splitbrain.org/go/dokuwikiより、新バージョンの圧縮ファイルをダウンロードし、これを 展開 する。また、Changelog をチェックする。 tar -xzvf dokuwiki-xxxx-xx-xx.tgz - 3.すべてのファイルをインストール済みの旧バージョン DokuWiki のファイルを上書きするように、コピー/アップロードする。dbworkerは"cp -i"がデフォルトでセットされているので注意。 /home/dbworker/public_html/tmp> unalias cp /home/dbworker/public_html/tmp> cp -rf dokuwiki-xxxx-xx-xx/* ../wiki/ 1. 新バージョンでは使われないファイルを削除する（下のリストを参照）。 2. 必要であれば、 パーミッション を変更する。data/ ディレクトリの下の index/ や tmp/ は比較的新しいので該当する可能性あり。 - トップページを表示しようとすると次のようなエラーが出る。 * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/conf/ is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/pages is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/attic is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/media is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/meta is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/cache is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/locks is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/index is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/tmp is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! -- 必要なコマンドは以下の通り。 > cd /home/dbworker/public_html/wiki/ > chmod 777 conf > chmod 777 data > chmod 777 data/* > chmod 644 data/_dummy 3. 必要であれば .htaccess ファイルに変更を加える（ステップ 1 を参照）。 4. プラグインの新バージョンを入れる。 * sagaでのsubversionの導入(2010/06/23) [#lf87245b] - subversionの管理設定 %> svnadmin create /home/dbworker/svn - subversionのリポジトリアクセス権の設定 %> su #> /usr/sbin/groupadd sagateam #> /usr/sbin/usermod -g sagateam suda usermod: sudaは /etc/passwd中に見付かりません !!! ユーザー情報は、astro1:/var/yp/src/passwdにある。 - グループ管理は/etc/groupの直接編集で解決 -- グループ名：sagateam -- メンバー：dbworker, kat, suda, yamada * CVSエラー(100420) [#he672a30] - dbworker@sagaのRetrievalでcvs updateをすると以下のようなエラーが発生する。また、エラー発生直後に再度パスワードを要求される。yuiなどのディレクトリについてはCVSのチェックが働いていないようだ。原因は不明。 saga.sci.hokudai.ac.jp[106][Retrieval]% cvs up dbworker@astro3's password: ? Data_Axis2.pm ? Doxyfile ? Plot_Candidate.pm ? Query_Mode2.pm ? debug ? del_log ? doxygen ? images ? log ? tmp cvs update: Updating . cvs update: Updating css cvs update: failed to create lock directory for `/var/cvs/astrodb/Retrieval/css' (/var/cvs/astrodb/Retrieval/css/#cvs.lock): Permission denied cvs update: failed to obtain dir lock in repository `/var/cvs/astrodb/Retrieval/css' cvs [update aborted]: read lock failed - giving up dbworker@astro3's password: Permission denied, please try again. dbworker@astro3's password: ? javascript/query_list2.js cvs update: Updating javascript * SAGAアクセス解析結果(100218) [#n118e72f] - Generated 18-Feb-2010 04:36 JST &ref(access2010Feb.png); * Perlモジュールの利用に関する注意(100122) [#ma7265a4] - モジュールの名称には一定の制限があるらしい。たとえばDictionary.pmというモジュールを作成するとnewは呼び出せるが、それ以外に定義したメソッドは必ずCan't locate object method ...のエラーが表示される（ただし、コンパイルは通る）。対処法は名前の変更しかないでしょう。あまり単純な名前のモジュール名はつけないほうがいいということです。 * SAGAアクセス解析結果(091018) [#n118e72f] &ref(access2009Oct.png); * SAGAデータレコード件数推移(091018) [#ve02c7c4] - 年々減りつつあります。特に2006年以降大きく減少しています。1レコードは1天体の1元素組成としています。 2000 3389 2001 1329 2002 2837 2003 2056 2004 3185 2005 5339 2006 1482 2007 1357 2008 1234 2009 174 * SAGAデータベース容量カウント(091018) [#f07c44ce] - MySQLデータ容量：カタログデータを除いたバックアップファイルの容量。最新版では15MB。 -- saga:/home/suda/public_html/backup/data_wo_HDcatalogue.sql - Registration/html/以下のファイルの容量。現在24MB。 - Registration/images/以下のファイルの容量。現在9.7MB。 - 年度あたりのデータ容量は全て足して10で割る（2000-2009年）と4.87MB。 * MySQLテーブル作成時のエラー(090902) [#g02ed6d4] - 複合キーを使ってauthorsテーブルを作ろうとしたら次のようなエラーが起こって、テーブルが作成できなかった。 DBD::mysql::st execute failed: BLOB/TEXT column 'Author' used in key specification without a key length at list2sql.pl line 360, <SQL> line 9. DBD::mysql::st execute failed: Table 'saga.authors' doesn't exist at list2sql.pl line 360, <SQL> line 12. - 複合キーとなる項目の型が"text"になっていたため、エラーが発生していた。"text"を"varchar(20)"とすると回避できた。 * SAGAでのapache設定に失敗(090215) [#z847e211] - ユーザーディレクトリで検索システムを動かそうとしたら失敗した。以前も試してみたがCGIが動かない。 - /etc/httpd/conf/httpd.confを編集し、Apacheを再起動してみたが（/etc/rc.d/init.d/httpd restart）動かなかった。httpd.confの元のファイルはhttd.conf090215としてバックアップを取っておいた。以下、参考URL http://www.jp.redhat.com/support/manuals/rhl-rg-ja-7.0/x7345.html http://fedorasrv.com/apache.shtml http://www.rfs.jp/sb/perl/08/07.html * SIMBADでの天体名検索について(090215) [#y3e838ce] - これまではSIMBAD EXPLOREREなどで使われる天体検索は天体名称のIDで行っていたが、文献で検索するという方法もある。SDSS天体のようにSIMBADで検索できない名称が使われている場合には、こちらをつかってはどうだろうか。例えば、以下のURLで論文に載っている天体の一覧が取得できる。ただし、データの詳細はテーブルのリンクをたどらなければ取得出来ない。 http://simbad.u-strasbg.fr/simbad/sim-ref?bibcode=2008ApJ...678.1351A&simbo=on&submit=submit%20bibcode * SAGAでのデータベース旧バージョンの取得 [#bb532ed2] - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout -D "11/20/08 00:00:00" Retrieval - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout -D "11/30/08 00:00:00" Registration - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout CSVfile - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Editor - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Lib - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Tools - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Dictionaries * データベース復旧(2008/12/21) [#m21a395c] - Retrieval20081123 - CSV fileの復元 > cd ~/public_html/DB/tmp/ > cvs checkout -D 11/23/08 CSVfile > mv CSVfile ../CSVfile_112308 - Retrievalの復元 > cd ~/public_html/DB/tmp/ > cvs checkout -D 11/23/08 Retrieval > mv Retrieval ../Retrieval_112308 > cd Retrieval_112308/ > mv Query_Mode.pm Query_Mode20081123.pm > mv Search_Mode.pm Search_Mode20081123.pm > mv Temporary_Table.pm Temporary_Table20081123.pm > vi db.cgi ("use Module;"部分を変更） - Registrationの復元 > cd ~/public_html/DB/Registration/ > cvs update -r 1.23 list2sql.pl > cvs update -D 11/23/08 > cvs tag -b before20081123 > cvs updae -r before20081123 - データの登録 > ./regist.sh *CVSシステム修復 [#t2014256] - ある日付のものを完成品として取り出す。 cvs -d /var/cvs/astrodb/ export -D date_spec Retrieval -- date_specの書式 1 month ago 2 hours ago 400000 seconds ago last year last Monday yesterday a fortnight ago 3/31/92 10:00:07 PST January 23, 1987 10:05pm 22:00 GMT *JVO用CSVファイル出力スクリプトの作成、実行(2008/7/13) [#acddd6ae] - Registrationをsaga1に対して実行 - 関連スクリプトはJVO::get_jvo.pl -- 出力ファイルはoutput -- エラーログはjvo_log.txt *誤差解析(2008/5/20) [#q73dc3bd] 異なる論文での同一天体の観測に対する系統誤差の比較 -多数の論文で観測されている天体の一覧(計20)（だいたい8編以上だがすべてではない） --BD+17 3248: found in 9 paper(s). --BD-18 5550: found in 11 paper(s). --BPS BS16467-062: found in 6 paper(s).+BPS BS16934-060: found in 1 paper(s). --BPS CS22878-101: found in 8 paper(s). --BPS CS22885-096: found in 8 paper(s). --BPS CS22892-052: found in 16 paper --BPS CS22949-037: found in 9 paper(s). --BPS CS31082-001: found in 11 paper --CD-38245: found in 8 paper(s). --HD108317: found in 7 paper(s). --HD122563: found in 16 paper(s). --HD126587: found in 9 paper(s). --HD128279: found in 8 paper(s). --HD140283: found in 13 paper(s). --HD186478: found in 11 paper(s). --HD19445: found in 7 paper(s). --HD218857: found in 7 paper(s). --HD2796: found in 11 paper(s). --HD4306: found in 9 paper(s). --LP815-43: found in 6 paper(s). *Retrieval(2008/5/12) [#j9c1a36c] -[X/Y]でのthreshould設定ができない。 --検索を終えてから一時テーブルを参照して条件をチェックする。 --どのデータを採用したかに依存するので、条件に合わなくても表示はした方がよい。 --条件にマッチした件数は、検索総数と並べて表示すべき。 *CVS外部アクセス [#t1f80aff] -setenv CVS_RSH ssh -cvs -d :ext:indigo:/home/suda/cvs/paper/ checkout paper7
タイムスタンプを変更しない
[[SAGA]] #contents *【作業記録】各種ソフトウェアのインストールとパスの変更 (2026/04/21) [#iace9936] - Latex_Gnuplot.pmのエスケープ文字変更 -- L140: $command=~s/\\{/{\/Symbol \\355}/g; -> $command=~s/\\\{/{\/Symbol \\355}/g; - Gnuplot.pmからLatex_Gnuplot.pmを呼んでいるのでパス追加 use FindBin qw($Bin); use lib $Bin; - gnuplot 5.2.4 in Gnuplot.pm %> sudo dnf install gnuplot - grepとawkのパス変更 in Gnuplot.pm -- /bin/grep -> /usr/bin/grep -- /bin/awk -> /usr/bin/awk - tar in Gnuplot.pm: /bin/tar -> /usr/bin/tar %> sudo dnf install tar - ps2pdf in Gnuplot.pm: %> sudo dnf install ghostscript * Perlモジュールのインストール方法 (2026/04/15) [#z66989f9] - CGI.pmのような標準モジュールはRocky/RHEL系のパッケージに含まれていることがある。その場合は、以下でインストール可能。 sudo dnf install perl-CGI -- 標準パッケージに含まれていない場合はCPANを導入してインストール。 sudo dnf install perl-CPAN -y sudo cpan CGI::Session *【作業記録】さくらのOS更新(2026/04/15) [#e0c6e43f] - CentOS 6 -> Rocky Linux 8 - php: 7.1 -> 8.1 - MySQL -> MariaDB 10.8? - pukiwiki: 1.5.1 -> 1.5.4 (php 8.1対応) - WordPress: -> 6.9.4 *【作業記録】同一天体を考慮したSIMBAD検索天体の一覧およびMySQLテーブルの生成 (2) (2026/04/06) [#sc220b99] - html_SIMBAD/以下のhtmlバージョンが異なるためにSIMBAD IDが変更されているケース (変更例は一部省略)。IDの優先度が変更されたか。 BPS CS 29518-0043 -> 2MASSJ01183829-3041026 BPS CS 22966-0011 -> 2MASSJ23350705-3022543 2MASS J15573010-2939228 -> UCAC4 302-083986 2MASS J14175995-2415463 -> UCAC4 329-069890 BD -22 395 -> CD -22 790 HE 2155-2043 -> 2MASS J21584227-2029156 BPS CS 31082-0001 -> BD -16 251 HE 1320-1339 -> BD-13 3695 -> HD219617B -> 2MASSJ11012043-1338384 -> HD358059 -> 2MASSJ01052796-1157310 -> HD83769 -> TYC57-1052-1 -> 2MASSJ15051979+0617069 -> SDSSJ152953.94+080448.1 -> SDSSJ004029.17+160416.1 -> LAMOSTJ221750.59+210437.1 -> BPSBS16554-0041 -> 2MASSJ14244185+5615349 - SIMBAD IDで同一判定となり、座標では同一判定とならない場合が2件、SIMBAD IDでは同一判定とならず、座標では同一判定となった場合が9件。 04/06 21:46:44.69384 [l. 461] / Only SIMBAD: HD15798_:_HR740 04/06 21:46:44.70007 [l. 461] / Only SIMBAD: BD-14_5890_:_GaiaDR3_6888560851915102464_:_RAVEJ205609.1-133118 04/06 21:46:44.71360 [l. 468] / Only Coordinate: J0554+5235_:_LAMOSTJ055408.54+523559.0 04/06 21:46:44.71363 [l. 468] / Only Coordinate: BD+01_2341p_:_BD+1_2341 04/06 21:46:44.71366 [l. 468] / Only Coordinate: J0705+2552_:_LAMOSTJ070542.30+255226.6 04/06 21:46:44.71373 [l. 468] / Only Coordinate: J1253+0753tn_:_LAMOSTJ125346.09+075343.1 04/06 21:46:44.71377 [l. 468] / Only Coordinate: J2217+2104_:_LAMOSTJ221750.59+210437.1_:_LAMOSTJ221750.59+210437.2 04/06 21:46:44.71379 [l. 468] / Only Coordinate: J1314+3741_:_LAMOSTJ131457.78+374110.7 04/06 21:46:44.71382 [l. 468] / Only Coordinate: BD-14_5890_:_GaiaDR3_6888560851915102464_:_J20560913-1331176_:_RAVEJ205609.1-133118 04/06 21:46:44.71386 [l. 468] / Only Coordinate: J1455+1251_:_LAMOSTJ145500.04+125106.2 04/06 21:46:44.71389 [l. 468] / Only Coordinate: HD219617A_:_HD219617B -- 最後は連星なので別天体として扱う。 *【作業記録】同一天体を考慮したSIMBAD検索天体の一覧およびMySQLテーブルの生成 (2026/03/12) [#kb763999] - GetStarIDsFromSIMBADHTML.pl: html_SIMBAD/以下のhtmlファイルを読み込んで、SAGA登録天体名、SIMBAD ID一覧、座標、明るさを抽出するスクリプト。 -- 入力: html_SIMBAD/*.html -- 出力: SIMBAD_IDs, saga_library::simbad_ids -- fluxを抽出する際にエラーとなる天体 No [error] in flux, first line BPS BS 17446-0025 -- No [error] in flux, first line HD 193231 -- No [error] in flux, first line HD 105113 -- No [error] in flux, first line LAMOST J011939.22-012150.45 -- No [error] in flux, first line LAMOST J055408.54+523559.0 -- No [error] in flux, first line LAMOST J062647.91+603254.0 -- No [error] in flux, first line LAMOST J070542.30+255226.6 -- No [error] in flux, first line LAMOST J085208.07+262730.1 -- No [error] in flux, first line LAMOST J104127.93+105627.8 -- No [error] in flux, first line LAMOST J131457.78+374110.7 -- No [error] in flux, first line NVSS J134655+102436 -- No [error] in flux, first line LAMOST J145500.04+125106.2 -- No [error] in flux, first line LAMOST J221750.59+210437.1 -- No [error] in flux, first line LAMOST J055408.54+523559.0 -- No [error] in flux, first line LAMOST J070542.30+255226.6 -- No [error] in flux, first line LAMOST J131457.78+374110.7 -- No [error] in flux, first line LAMOST J145500.04+125106.2 -- No [error] in flux, first line LAMOST J221750.59+210437.1 -- No [error] in flux, first line FIRST J120113.1+023515 -- No [error] in flux, first line NVSS J121636+010440 -- No [error] in flux, first line SDSS J114658.70+234357.2 -- No [error] in flux, first line LEDA 964818 -- No [error] in flux, first line TXS 1349-041 -- No [error] in flux, first line LEDA 973021 -- No [error] in flux, first line PGCC G004.15+18.25 -- - MakeSynonymFromSIMBADHTML.pl: GetStarIDsFromSIMBADHTML.plの出力から同一天体を抽出するスクリプト。天体IDと天体間距離から同一性チェックを行う。 -- 入力: SIMBAD_IDs, saga_library::simbad_ids -- 出力: SIMBAD_IDs_result[1-4].csv --- &color(blue,yellow){SIMBAD_IDs_result2.csvが最も信頼できる同一天体リストとなる。}; -- 11種類のカタログIDのうち、一つ以上一致する天体の数: 973 -- 天体間距離が1 arcsec以内の星の数: 1314 --- そのうち、0.1 arcsec以上離れている星の数: 6 (大部分は同じHTMLを参照している) --- &color(blue,yellow){J0852+2627とJ0626+6032は新しいファイルで古いファイルを上書きする。それ以外は異なる天体なので、そのまま。}; | Star 1 | Star 2 | Coordinate 1 | Coordinate 2 | Angular distance | 備考 |h | HD219617A | HD219617B | 231705.290 -135054.09 | 231705.331 -135053.51 | 0.83244238743402 | 連星 | | J20560913-1331176 | RAVEJ205609.1-133118 | 205609.112513 -133117.76829 | 205609.1348060632 -133117.690158776 | 0.334399846736292 | HD 358059AB: Star 1が伴星、Star 2が主星 | | J20560913-1331176 | BD-14_5890 | 205609.112513 -133117.76829 | 205609.1348060632 -133117.690158776 | 0.334399846736292 | HD 358059AB: Star 1が伴星、Star 2が主星 | | J20560913-1331176 | GaiaDR3_6888560851915102464 | 205609.112513 -133117.76829 | 205609.1348060632 -133117.690158776 | 0.334399846736292 | HD 358059AB: Star 1が伴星、Star 2が主星 | | J0852+2627 | LAMOSTJ085208.07+262730.1 | 085208.07 +262730.1 | 085208.0758630006 +262730.221138485 | 0.14449119496022 | SIMBAD HTMLの保存時期が異なるため、ファイルの中身が異なる。| | J0626+6032 | LAMOSTJ062647.91+603254.0 | 062647.91 +603254.0 | 062647.8639498630 +603254.378925263 | 0.508852416569807 | SIMBAD HTMLの保存時期が異なるため、ファイルの中身が異なる。| -- 天体カタログと天体間距離の両者から同一であると判定された星の数: 389 -- 両者から同一と判定されたが、異なる天体と同一であると判定された星の数: 52 (おそらく配列順序の違い) -- SIMBAD IDからのみ同一と判定された星の数: 532 -- 天体間距離からのみ同一と判定された星の数: 541 (ほぼ同数なので配列順序の違いと思われる) - 天体一覧をまとめたファイルやMySQLテーブルが散在しており、混乱を招く可能性が高い。集約化を進めた方がよい。 - SIMBADに登録されているカタログ名のカウント一覧 | Catalog | Count |h | 2MASS | 7264 | | SDSS | 505 | | Gaia | 7843 | | Gaia DR1 | 3068 | | Gaia DR2 | 7563 | | Gaia DR3 | 7556 | | TIC | 6111 | | HD | 3042 | | BD | 2787 | | HIP | 3423 | | WISEA | 2784 | | RAVE | 1169 | | G | 1040 | | CS | 1606 | | HE | 716 | | TYC | 4287 | | AP | 438 | *【バグ報告？】登録天体一覧の現状と修正案 (2026/02/12) [#f8207da5] - object_list: かなり前に作ったと思われる登録天体一覧。現在はobject_catalog_MWで代用されているので削除してもよいかもしれない。 - object_catalog: B Entryの天体一覧なのでobject_catalog_LGと改名すべき。 - create_SAGAcatalog.pl, update_SAGAcatalog.plにおいて出力ファイルのtypoがある。 candidate_ojbects -> candidate_objects confirmed_ojbects -> confirmed_objects *【バグ報告、修正済み】MySQLの型が誤って定義されている。(2026/02/12) [#s634f686] - saga, saga_uptestのobject_catalog_MWのObject_Aliasesがtextではなくvarchar(30)となっており、30文字以上格納できなくなっていた。 - &color(blue,yellow){Registration/sqlfiles/object_catalog_MW.sqlで誤って定義されていたので修正した。 }; *【バグ報告】同一天体の抽出が機能していない (2026/02/12) [#zcaa8821] - txt_table_recommended_20260119.tsvで、同一天体が区別されていない。 - 東北大の石川さんにより報告。 recommended dataset の [Fe/H] < -3 の天体を対象に、1 arcsec 以内で座標クロスマッチを行ったところ、同一位置に複数行が対応するケースが比較的多く見つかりました （961 行中、3 行以上が同位置: 11 件、2 行が同位置: 85 件）。 CS22876-032 / CS22876-032A,B のような連星系については理解できるのですが、 例えば ['SDSSJ1522+3055', 'SDSSJ152202.09+305526.3', 'SDSSJ152202.10+305526.3'] のように座標表記精度の違いによるものや、 ['BD-185550', 'BD-18_5550'] のような記名揺れに起因していると考えられるケースも多く含まれているように見えます。 - このバグはにRegistration/create_txt_table.plに関連している可能性が高い。 - Tools/synonym_list_MWでは、少なくとも上記の天体については同一であると記録されている。 * 【作業記録】html_SIMBAD_stored20251117に169天体のbulge starを追加 (2025/11/17) [#ea50285b] - SIMBADのhtmlを保存した。 * 【作業記録】C0008のSunを削除してMakeSynonymList.plおよびMakeObjectList.plの再実行 (2025/11/17) [#n5b11b68] - html_SIMBAD/Sun.htmlが生成されており、中身はSN2020pjjとなっていたのでファイルを削除した。 - C0008にSunが登録されたままになっていたのでCSV fileの直接編集で削除した。 * 【作業記録】MakeSynonymList.plおよびMakeObjectList.plの実行 (2025/11/12) [#a6d9d0af] - cp -p html_SIMBAD_stored20250512/*.html html_SIMBAD/でファイルをコピーしてから実行 -- MakeSynonymList.plでエラー多数。ただし、すべてbulge red giantsのデータ(A0371, da Silveira+18)なので、現時点でカタログを作る必要性は低い。 b6b017!!!!!! ERROR !!!!!! SIMBAD HTML contains multiple candidates for b6b017. -- エラーの記録は&color(blue){Dropbox/astroDB/Tools/Error_MakeSynonymList20251112.txt}; に保存した。 - MakeObjectList.plではエラーは無し。天体名の末尾にアルファベットが付いた怪しげな天体がカタログに登録されているので要注意。C0008にはSunとSN2020pjjが登録されている。 - Synonym天体は現時点では問題はなさそう。ベンチマーク天体をいくつか確認した範囲ではすべてOK。 - Synonym天体のベンチマーク：OK J1036+1212:::J1036+1212,SDSSJ1036+1212,SDSSJ103649.93+121219.8_:_2MASSJ10364992+1212199_:_SDSSJ1036+1212 SDSSJ0929+0238:::SDSSJ0929+0238,SDSSJ092912.32+023817.0_:_SDSSJ092912.33+023817.0_:_SDSSJ0929+0238 - Synonym天体のベンチマーク: NG +-------+-----------------------------+------------+---------+ | Entry | Object | Population | Comment | +-------+-----------------------------+------------+---------+ | +-------+-----------------------------+------------+---------+ * 【作業記録】Gaia DR3を使った座標データの更新 (2025/04/21) [#q70a77b3] - 冨永さんからもらった座標データCoordinate_Tominaga_NTGを基にCSVfile以下のEntry_position.csvを書き換えた。 - 出力先はTools/coord_csv、元データのバックアップはTools/coord_csv/bk_coord - 書き換える座標データが正しいかどうか一件ずつチェックするためにdialog_modeで実行した。 -- オリジナルのCSVファイルとRAが10%以上異なるデータを抽出。誤っている場合は元データを使用。両方とも間違っている場合はNTGデータを修正した。 - 出力データを確認後、CSVfile/以下のEntry_position.csvを差し替えた。 -- ※dbworker:Editor/CSVfile/は差し替えていない。 - SimbadExplorerをtry_again_not_foundをオンにして実行。 -- 全天体8461 starsを調査し、7621 starsがすでにSIMBADデータ取得済み。Not Found ~840 starsのうち、349がuse_position_dataモードで確定、238が複数候補天体として一時保存され、245が検索失敗だった。ignore_listは8件。 -- 検索失敗のうち、約100件はA0402: Venn+20、30弱はA0416: Kielty+21、その他A0443: Li+22, A0461: Nandakumar+22など。座標データはあるので検索失敗はしないはず・・・ * 【備忘録】SimbadExplorerで複数候補天体が検出された場合の登録方法 [#ra40c842] - html_SIMBAD/Multi_Candidates/にhtml一覧が保存される。 -- URL: http://sagadatabase.jp/~suda/Tools/html_SIMBAD/Multi_Candidates/ - リンクの天体名をコピーして、SIMBADの該当する天体のhtmlリンクをたどり、「ファイルを別名で保存」にし、コピーした天体名.htmlで保存しておく。保存先はastroDB/Tools/html_SIMBAD_stored20YYMMDD/としている。 - scpあるいはrsyncでsakura:~/public_html/Tools/にコピーする。 - ディレクトリ以下のhtmlファイルだけをhtml_SIMBADにコピーする。 cp -p html_SIMBAD_stored_20YYMMDD/*.html html_SIMBAD/ * object_catalog_MW生成時の問題点 (2025/04/03) [#r3b01e05] - Tools/READMEを作成、known problemsとして記述。 - MakeSynonymListはhtml_SIMBAD/から天体一覧を読み込むようになっており、誤った天体が登録された場合、そのまま残ってしまう。 -- 長らく誤って登録されていたA0201/BD+26_3578fが該当。"f"は脚注記号の除去忘れ。 - synonym listにBD+26_3578と同一天体として登録され続けてしまうので、html_SIMBAD/BD+26_3578f.htmlを手動で削除。 -- SimbadExplorerで誤った天体が検出されてしまった理由は不明のまま。 * Synonym天体見落とし(2025/03/13) -> 問題なし [#mf2f3bb4] - SDSSJ2357-0052 -- Aoki+13 (A0298), Aoki+10 (A0242) -- &color(blue){object_catalog_MWに登録済み}; * abundance_statisticsの問題点発見 (2025/02/18) [#q5602531] - 複数の論文による組成の平均値、中央値、有力値を求める際にsynonymが反映されていない。例えば、LAMOSTJ131331.18-055212.4, J1313-0552, HE1310-0536は同一天体だが、abundanceの統計値はすべて異なっている。 - また、統計は報告された元素のみが対象となっており、他の論文の結果が反映されていない。例えば、SDSS0126+06とSDSSJ0126+0607は同一天体だが、SDSS0126+06はFE56の集計値に関するレコードが存在しない。 - abundance_statisticsにObject_Primaryのカラムを追加すべきか。 * 検索機能の問題点発見 (2025/02/17) [#gebc9f24] - 検索条件として[Fe/H] <= -4とした場合、この条件を満たすデータのみがSearch Resultの表に記載され、それ以外はデータが存在しないかのように見えてしまう。 -- X軸に[Fe/H] <= -4とした場合、以下のクエリーが発行される。 insert ignore into suda_tmp.tmp_c5c0_x( Entry, Object, xQuantity, xValue, xpDelta, xmDelta, xErrFlag, xPriority ) select a.Entry, a.Object, Quantity, Value, pDelta, mDelta, ErrFlag, Priority from abundance_A09 a inner join suda_tmp.tmp_c5c0_prep1 b Using ( Entry, Object ) where Quantity like "FE56%XbyH" and Value <= -4 and ( ErrFlag is null or ErrFlag = "<" ) and ( pDelta < 1.0 or pDelta is null ) -- このため、tmp_AAAA_xには条件を満たすデータのみが抽出され、後のデータ表示に反映される。 - 正しいアルゴリズムは、Reference solar abundancesとHow to choose representative valuesで指定された太陽組成と複数データの処理方法（デフォルトではAsplund+09とmean of the all reported values）に従ってA(Fe)を参照し、条件（A(Fe) < 3.5）を満たす天体をabundance_statisticsから抽出し、その天体リストをX軸用の一時テーブルに保存するということになるだろう。 -- 現状ではtmp_AAAA_xに条件を満たすデータを出力しているので、天体リストのみを出力する仕様に変更するには大規模な改修が必要になると思われる。検索条件を段階的に処理することになるので、天体リストとデータリストを分けた方が良いかもしれない。obj_xとdata_xといった2つの一時テーブルを生成するのがよいだろうか。 - Plot画面上にどのデータをプロットするべきか、というのは一考の必要がある。実際にプロットするデータは条件を満たすものでないと矛盾してしまう。abundance_statisticsのデータを基にプロットするべきなのか、条件を満たすデータだけをすべてプロットするべきなのか。plot one (subject to priority parameter)にチェックが入っている場合、priorityが最も高いデータが条件を満たしていないということは十分ありうる。ただし、representative valuesをsubject to priority parameterにしておけばこの問題は起こらない。plot oneのオプションとdata representativeの条件を共通にするべきか。 * object_catalog_MWにバグ発見 (2025/02/07) [#tba4c124] - &color(red,yellow){Tools/MakeObjectCatalog.plにSIMBADで見つからない天体が登録されないバグがあった。}; -- 1400天体くらい登録が抜けていたと思われる。 - 修正し、object_catalog_MWを更新した。 * popup作業中 (2024/12/23) [#z2d8be0f] - Table EditorでColumn Definitionの説明をポップアップで表示しようとしたがうまくいっていない。 -- 変更箇所 Trans_Print.pl Trans_Form.pl css_editor/popup_table.css javascript/table_editor_tutorial.js Popup_Manager.pm -- ソースにはcreate_form.plと同じように表示されているが、ポップアップが表示されない。 * synonym objects (2024/10/30) [#y57af40e] - synonymテーブルのObjectCの意味が不明。対応箇所はPrint_StarList.pmの235行目付近より。 # === synonym objects my %synonym; my $tmp = $dbh->selectall_arrayref( "select Object, ObjectC from synonym group by Object " ); my $n_synonym = $tmp? @{$tmp} : 0; print "Number of Synonym Objects: $n_synonym\n"; foreach(@$tmp){ my ($object, $objectc) = ($_->[0], $_->[1]); push @objects, $object; $objects{$object} = $name_converter->db2simbad($object); $synonym{$object} = $objectc; } @objects=sort {$objects{$a} cmp $objects{$b}} @objects; my %other_names; $tmp = $dbh->selectall_arrayref( "select distinct ObjectC from synonym " ); my @objectc = map { $_->[0] } @{ $tmp }; foreach my $objc( @objectc ){ my @obj_syns = ( $objc ); foreach my $obj( sort keys %synonym ){ if( $synonym{ $obj } eq $objc ){ push( @obj_syns, $obj ); } } foreach my $obj( @obj_syns ){ my @tmp_obj = grep $_ ne $obj, @obj_syns; $other_names{ $obj } = join( ", ", @tmp_obj ); #$lg->Debug_vs( "obj = $obj, other_names = ", $other_names{ $obj } ); } } # === synonym objects * データ更新メモ (2024/09/25) [#hf832f33] - 4月に予定していたデータ更新が遅れたので、9月分とまとめてアップデートする。 - 追加するEntry -- 4月予定分: A0470-A0481, A0485, B0177, B0180, B0181 (16) -- 今回予定分: A0445 (未完了), A0446, A0448-A0459, A0461-A0463, A0465, A0467, A0468 (20) - 公開済みのB EntryはB0160まで。 -- 2021, 2022年度分: B0161, B0163, B0164 (未完了), B0166-B0174 (12) ** update_SAGAcatalog.plまとめ (2024/10/02) [#zab813df] - update_SAGAcatalog.plを読み返しているが、データの読み書きが重複しており、無駄が多いかconflictが起こりそう。 -- Assign SAGA ID Modeでは、以下の3つのmethodから登録済みの天体データを読み込んでいるが、前者2つは同一のMySQLテーブルから、3つめはCSVファイルから。 load_synonym_list make_existing_catalog load_csv_ent -- どれも書式が違うが、load_synonym_listが最も単純な構造かつ、読み書きがしやすそう。make_existing_catalogは二重キー+配列リファレンスの値と無駄に複雑。load_csv_entはCSVファイルからEntryのリストを返しているだけなので、Temporary Table Modeの @{ $Lfilelist{ "observation" } }; の縮小版となっている。 --- load_synonym_listで格納されるr_syn_listは天体名の読み込みだけでなく、新規追加された天体の情報を取り込んでアップデートする役割も果たしている。 --- make_exisiting_catalogで格納されるr_exisiting_catalogは読み込み専用であり、新規Entryとの比較および、既存の天体名の参照のみに使われている。r_syn_listでも代用できそうなので、統合するのが良いか。 -- Assign SAGA ID ModeはMySQLからデータを読み込んでいるが、%%Temporary Table Modeが実行された後に実行することを想定しているので、CSVファイルから読み込むのと違いはないのではないか。%% Temporary Table Modeを実行せずにAssign SAGA ID Modeを実行する場合は起こりうるのか。 --- Temporary Table ModeはCSVFile_LG/のデータをまとめたCSVファイル(tmp_object.csv)を生成しているので更新予定の最新データを含んでいる。Assign SAGA ID Modeの前半で読み込んでいるのは既存のデータなので、前回更新時のデータであるobject_catalogテーブルから情報を取得している。 -- 現時点での最新のファイルは、2024/05/29 15:09に生成されたtmp_object.csvで、B0181までのデータを含んでいる。Assign SAGA ID Mode, Upload MySQL Modeはまだ実行されていない。 * さくらVPSのOSアップデート (2024/09/24) [#o4dacbde] - CentOS 6 -> CentOS Stream 9 ** サーバーバックアップ [#u49868d1] - MySQLのバックアップ ~/public_html/Tools$ ./clear_session.pl mysqlsump -u suda -p --all-databases -> saga_all20240924.sql * sakuraのバックアップを取得した。(2024/06/18) [#s69781db] - home, logをsakuraからsodiumにコピーした。 - var/log/httpd/error_log-202X01 (X=2,3,4,5)を削除し、空き容量が2.6Gから11Gに増えた。 * SimbadExplorer, MakeSynonymListの改良。(2024/05/21) [#of88e4a8] - SIMBAD IDでMW天体の検索を実行し、HTMLファイルを保存するとともに、SAGA IDとSIMBAD IDを紐付けるMySQL table (saga_library::saga2simbad) を自動生成するようにした。 -- 次回はsaga2simbadに載っていない天体だけを検索し、SIMBAD IDが同一かどうかを基準にSynonym Listを作成するとよい（&color(red,yellow){現時点で未実装};）。 - SimbadExplorer, MakeSynonymList, MakeObjectListを実行。SIMBADのバージョン表記は&color(blue,yellow){SIMBAD4 1.8 - 2024-02};。 * Gaia Photometryについて (2024/02/21) [#t8ed04d2] - A0473採録時にGaia EDR3に基づくphotometryのデータがpublishされた(Table 1)。Captionの記載は &color(blue){"the G and BP-RP from Gaia EDR3;"}; となっている。 - A0407採録時にGaia DR2 photometryとしてG, BP, RPを追加した(2022/02/24)。 - Gaia EDR3のphotometryについてはRiello et al. 2021, A&A, 649, A3に詳細が書かれているが、DR2と別に辞書登録すべきかどうか判断ができない。filterは同じだが解析方法が違う? Figure 14に誤差の違いが表示。Table C.1, C.2に他のphotometric systemへの変換が記載されている。 - 変換公式の違いをチェックするか、実際のデータを比較することで同じかどうかは確認可能と思われる。 - &color(blue,yellow){暫定的な措置としてGBP-GRPを辞書登録した。このcolor indexはGaiaのversionの違いを想定しておらず、今後のGaia photometryの情報次第で変更の可能性がある。}; * LAMOST-Subaru project-based databaseの更新(2023/11/02) [#c767d829] - Hainingからもらったデータを登録したバージョンには中性子捕獲元素のデータが載っていたが、出版予定のため、公開版から削除する。出版データから採録し直して更新した。 -- 更新前後の組成データはそれぞれabn_old、abn_newとして保管してある。[Fe/H], log-e(Li), [X/Fe] (Fe, Li以外)のデータを残し、比較のため、NlineもNULLにしてある。 -- 以下のコマンドで新旧データの比較が可能 select * from abn_old as o left outer join abn_new as n on o.Entry = n.Entry and o.Object = n.Object and o.Quantity = n.Quantity where n.Entry is null order by o.Quantity; * アクセスログ作成時の注意(2021/09/20) [#a0feb489] - webalizer使用時には無関係のログを削除する必要がある。特にDoS攻撃っぽいログが大量に残っている。Log2/clean_log.plを実行することで、無関係なログのカウント+除去と関係するログのカウントが表示される。出力は入力ログファイル+"_mod"。例えば、以下の手続きでログを生成する。 > ./clean_log.pl > webalizer access_log_mod * 天体名のエイリアス作成のためのSimbad_Explorer.pl実行 (2021/04/02) [#d1607d2e] - html_SIMBADを新規作成した。SIMBADの表記バージョンは2012年ではrel. 1.189、2021年4月ではrel. 1.7となっている。 * SAGA-Gaia crossmatch (2020/04/23) [#t3ce4870] - 松野君の解析ログ https://nbviewer.jupyter.org/urls/dl.dropbox.com/s/jq3sg5moryzf3wz/180419match_to_2MASS_GAIA.ipynb * 天体名のエイリアス作成と同一天体のチェックについて(2020/01/27, 2021/04/02) [#g618e68d] - Lib/alias.csvを9年ぶりに更新した。 -- Lib/alias.csvはTools/CheckSynonym.plを実行することでhtml_SIMBAD/のhtmlを参照し、Identifiers:の一覧が出力される。 -- SDSSJ144256-001542 (A0282: Caffau et al. 2013)とSDSSJ144256.37-001542.8 (A0365: Bonifacio et al. 2018)は同一天体。(Tilmanからのfeedback) - Milky Wayの天体の同一性チェックはRegistration/List2SQL::replace_object_nameからLib/PrimalName::GetPrimalNameの呼び出しで行われる。 * データベースロゴ(2019/04/16) [#j4fc9130] - SAGAデータベースのロゴ &ref(saga-logo05p.pdf); - プレゼン等では5段目右端のものを使用している。 * Webalizerの使い方(2018/10/12 -> 2020/10/24改訂) [#iaf8626f] - ログファイルは以下に設置。 /home/suda/public_html/Log2/ - 上のディレクトリに移動して以下のコマンドを実行。webalizer.confを読み込む。 %> webalizer [access_logファイル名] - 201810から202009までログが削除されてしまった。logrotateをmonthly, 120として10年間保存できる設定に変更しておいた。ログファイルの場所 /var/log/httpd/access_log - ログへのアクセス。空白期間があるのでindex.htmlはしばらく作られない。 -- [[index.html:http://sagadatabase.jp/~suda/Log2/index.html]] -- [[2020年9月:http://sagadatabase.jp/~suda/Log2/usage_202009.html]] * 検索システム改良案: 連星が確認されていない星の検索(2018/10/01) [#ycdff888] - Binarityが確認されていない天体を抽出するオプションが必要。CEMP-noでbinaryでないものを抽出したい場合などに有用。Tilmanからの質問で要望があった。 * MWの更新データをLGのデータにコピーする方法(2018/09/20) [#h946b847] - Copy_MySQLData.pmを作成した。registration.plから呼び出し可能。コピー元のデータベース(saga_uptest)とコピー先のデータベース(saga_LG_uptest)を指定してすれば良い。 -- &color(blue,yellow){Entry IDの設定(A, C: MW, B: LG)はCopy_MySQLData.pmでローカル変数として定義してあるのでIDの追加や変更がある場合は注意が必要。}; * position dataのアップデート(2018/09/03) [#m563ab90] - Gaia DR2のデータをエディタの位置座標に反映させるためのスクリプト Position/create_position.pl -- make_position_data, backup_position_data, copy_position_dataからなる。バックアップは以下に保管。 Position/bk_Position/ - アップデート実行済み。 -- List2CSV, CSV2Ascii, Make_PositionData, Get_Positionを実行。 -- Registraionがリポジトリに登録されていなかったのでimportし直した。 -- CSV2Ascii実行時にOutput/abundance_A09.csvを参照するのでバックアップからコピーする必要がある。 -- Make_PositionDataはpositionテーブルにアクセスするのでList2CSVを事前に実行する必要がある。 * IAU Symposium 344のためのデータ更新確認(2018/08/15) [#e9a5f27f] - B0148: Mg, Fe, S abundances for 86 stars in Sculptor - B0149 (未チェック): Ti, Fe, Zn abundances for 101 stars in Sculptor - B0150: 13 elements for 3 stars in Horologium - B0152 (未チェック): Fe, Y, Eu, Ba abundances for 10 stars in Draco - B0153: 1 star in Reticulum II - B0154: 18 elements for 7 stars in Tucana II - B0155: C, Fe, Ba for 109 stars in Sculptor * 天体データ、論文データ、一覧データの格納場所を整理した。(2018/06/13) [#e271a5ec] - Data/html, Data/images, starlist.html, txt_table.tsvの管理場所が一貫しておらずデータが分散して保管されていた。 - starlist.htmlの置き場所を変更した。 -- $SAGA_HOME/List/starlist.html -> $SAGA_HOME/[検索システム開発用ディレクトリ]/Data[_LG]/starlist.html - ただし、Registration/Print_StarList.pmでのデフォルトの出力先は以下。古いデータも以下にstarlist_YYYYMMDD.htmlとして保管。 $SAGA_HOME/Data/starlist.html - 公開用starlist.html /var/www/html/Data/starlist.html - 天体データ、論文データのHTMLファイルの管理場所 -- データベースのバージョンによって異なるのでバージョン毎に保管場所が異なる。公開用は一箇所に集約。 $SAGA_HOME/[検索システム開発用ディレクトリ]/Data[_LG]/ -- 古いデータはhtml_YYYYMMDD, images_YYYYMMDDとして以下に保管 $SAGA_HOME/Data[_LG]/ - 公開データの保管場所 /var/www/html/Data/ /var/www/html/Data_LG/ - 全データのtsvファイルの設置場所 -- 最新のデータベース(MW+LG)を反映しているので一つだけで良い。古いデータはtxt_table_YYYYMMDD.tsvとして以下のディレクトリに保管。 -- txt_table.tsvは誤差情報を含んだデータ。txt_table2.tsvは誤差情報を含まないデータ。 $SAGA_HOME/Data/txt_table[2].tsv /var/www/html/Data/txt_table[2].tsv * 既存のデータベースを整理した。(2018/06/08) [#rf3d56b9] - saga_LG2, saga_LG3を削除。 * 座標データ更新前のチェック(2018/06/01) [#k5bd020d] - 松野君による座標データの更新を反映させるために既存のデータとの比較を行うスクリプトを作成した。 /home/dbworker/public_html/Editor/CSVfile/check_position.pl - 以下の2つのディレクトリを比較 (1) /home/dbworker/public_html/Editor/CSVfile (2) /home/matsuno/public_html/Editor/CSVfile (1)はSAGAの最新版データで、(2)は松野君が入力したデータで /home/dbworker/public_html/Editor/CSVfile_Matsuno に変更。 - スクリプトでは両方向の処理をしている。 - (1)のデータを調べて(2)に対応するものを探す。 -- すでに入力済のデータについて松野君のデータで上書きされるかどうかを調査。 -- 変更のあるレコードと無いレコードを確認。 - (2)のデータを調べて(1)に入っていないものを探す。 -- 新規レコードの一覧を取得。 - 出力ファイルは以下の2つ。/home/dbworker/public_html/Editor/CSVfileに出力。 -- compare_position.txt: 両者の詳細な比較情報。 -- compare_summary.txt: 比較の統計情報。 * HTMLデータの改善点(2018/03/29) [#vb8e08a7] - adopted solar abundancesの表示。 - 座標データの書式。 - Entry表示の削除。 - Stellar parameters, Binary parameters, Observing logなどで単位の表示。 * エディタでADS Linkが開けない。(2018/02/10) [#cd53b320] - Firefoxを使っているとエディタのADS Linkが開けない。Safariでは動作する。ただし、リンク先をADS以外のサイトにすると動作する。Firefoxのセキュリティ対策の問題なのか、どこかでADSを新規タブで開けないように設定してしまったのか不明。 * Editor, Listのバグ修正。(2018/02/10) [#j638af2f] - yamlファイルを開くようにすると相対パス指定になっていたため、動作しなくなっていた。 -- yamlを利用するモジュールにはコンストラクタでモジュールへのパスを引数として渡すように設定。 * 天体名の修正。(2018/01/12) [#f759d956] - 松野さんによる指摘(2017/10/03のメール)。 A0191 CD-45_1317 -> CD-45_13178 (2018/01/12) A0191 BD-40_1175 -> CD-40_11755 (2018/01/12) A0191 BD-65_253 -> CD-65_253 (2018/01/12) A0137 の25天体 BD-XXX -> CD_XXXX, BD-27_666 -> CPD -27_666 (2017/10/31) BD-35_360 BD-61_282 BD-68_74 BD-69_109 BD-60_545 BD-47_1087 BD-26_1453 BD-57_806 BD-65_253 BD-59_1024 BD-33_3337 BD-57_1633 BD-45_3283 BD-25_9024 BD-37_8363 BD-38_8457 BD-56_5169 BD-45_8786 BD-57_6303 BD-59_6824 BD-45_13178 BD-28_17381 BD-39_7674 BD-48_4818 BD-27_666 A0126 HDSAO134948 -> BD-01_1792 (2017/10/31) A0135 BD-80_328 -> CD-80_328 (2017/10/31) C0003 II47 -> IV47, II72 -> IV72 (2018/01/12) * Data_Axis.pm改変メモ(2017/12/21) [#s1ad2fc3] - Data_Axis.pmの変数をグローバル変数から一部をセッション変数に変更したので、残りも全てセッション変数(%axis_data)に取り込めるはず。 * HTTP通信エラー(?) (2017/12/18) [#v4ee2fe9] - データの書き出しを行わずにプロットだけを行うとブラウザの表示が途中で途切れてしまう。 - waitとsleepコマンドで時間調節を行うことで一時的に不具合を回避しているが、スクリプトが二度読み込まれる問題が残る。 -- プロセスの遅延をdb.cgiの最終行近くに持って行くことで弊害は最小限に抑えられるが、要注意。 * 連星の表記方法の違いによる紛らわしい天体ID (2017/10/31) [#m87e0f0b] - 以下の天体はA, B表記有り無しの両方が登録されている。 HD113083[A,B] CS22876-032[A,B] CS22873-139[A,B] HD219617[A,B] G166-45[A,B] CS22949-008[a,b] HD106516[A] HD114710[A] HD115383[A] HD142860[A] HD170153[A] HD19373[A] HD208906[A] HD212029[A] HD219623[A] HD33632[A] HD34411[A] HD35296[A] HD59984[A] HD89125[A] HD91889[A] G95-57[B] * 座標の精度が不足、あるいは間違っている論文 (2017/10/31) [#z8a8004b] - 以下の論文は座標データが原論文に表記されているにもかかわらず、その値がSIMBADのものとズレが大きかったり、そもそも間違っている。 A0108 (Sivarani+06): 論文中Table 1にはJ2000と表記されているが、座標の値がSIMBADのものと大きくずれている。原因不明。 A0191 (Charbonnel+Primas05): VizieRのRA, Dec (degree)から採録していた。 A0259 (Gehren+06): J2000のデータがTable 1に与えられているが、SIMBADの値と少しずれている。 A0273 (Ishigaki+12): Table 3に座標データが与えられているが、J2000かどうかは不明。SIMBADの値と少しずれている。 C0011 (Venn+04): 座標データをどこから取得したのか不明。wiki、メール、Editorに記録が残っていない。採録担当者は山田さん。 * Webalizerのバージョンが変わったせいか、ログの解析結果が以前と異なる。(2017/10/24) [#nac58349] - 月毎の全体ファイルアクセス数、Hit数、訪問者数が微妙に変化、国別のアクセス数も変化している。 - 特にUSAからのアクセス数が大幅に減少しているが、おそらくより現実的な数値になっていると考えられる。減った分の大部分は新しい区分のCommercial (com)に分類されたものと思われる。 * 座標データで無効なレコードを消去した。(2017/09/21) [#h2ee5a64] - Tools/remove_position.plを作成、実行。 -- スクリプトの実行結果はTools/Result_of_remove_position.txtに記録。 - 結果は/home/suda/public_html/CSVfile_20170921に置いてある。 -- &color(blue,yellow){既存のCSVfileとdbworkerにあるオリジナルのデータを手動で編集、削除した。また、subversionのリポジトリも変更してcommitした。}; * Priority parameterの計算に必要なResolutionが採録されていない論文。(2017/08/21) [#a3bd767b] - 以下のqueryで確認。 select * from misc where Resolution is null and Facility is null; - A0083: Garcia-Perez et al. 2006 (2017/08/21入力) - A0095: Frebel et al. 2006 (Not Compiled) - A0120: Lucatello et al. 2006 (Not Compiled) - A0173: Christlieb et al. 2008 (Not Compiled) - A0190: Smiljanic et al. 2009 - A0191: Charbonnel & Primas 2005 - C0011: Venn et al. 2004 * [Fe/H] > -2.5の星のみのため採録していなかった論文。(2017/08/21) [#kdf792e6] - A0211: Nissen & Schuster 1997 - A0219: Kraft et al. 1992 - A0227: Cui et al. 2010 - A0228: Zhang et al. 2010 - A0233: Roederer et al. 2010 - A0234: Goswami & Aoki 2010 - A0238: Caffau et al. 2010 - A0248: Bonifacio et al. 2011 - A0256: Jonsson et al. 2011 (Compiled) - A0258: Gehren et al. 2004 - A0289: Li et al. 2013 (Compiled) * SEGUE I, IIの名称変更(2017/05/27) [#p2d4b3bb] - SEGUE I [II] -> Segue 1 [2]に修正。 mysql> update abundance_A09 set Object = REPLACE( Object, "SegII", "Seg2" ); Query OK, 89 rows affected (1.24 sec) Rows matched: 318149 Changed: 89 Warnings: 0 mysql> update atmosphere set Object = REPLACE( Object, "SegI", "Seg1" ); Query OK, 56 rows affected (0.18 sec) Rows matched: 47941 Changed: 56 Warnings: 0 mysql> update star_A09 set Population = REPLACE( Population, "SEGUEII", "SEGUE2" ); Query OK, 10 rows affected (0.02 sec) Rows matched: 17553 Changed: 10 Warnings: 0 * create_SAGAcatalog.plのsortに関するバグ(2017/04/27) [#i284c07a] - 同一天体を確認する時はDecl, Yearの順にソートしていたが、IDを割り振る時はYear, Declの順にソートしなくてはならない。 - Declはvarchar(20)なのでorder byを使っても正しくソートされず、同一天体の確認に漏れが生じている。&color(blue,yellow){"order by 0 + Decl"}; とするとvarcharがfloatに変換されて正しくソートされる。 * 確認済み同一天体の一覧を読み込む機能の実装(2017/02/20) [#oe655de4] - Registration_LG/IdenticalObjectsに一覧を記述。 - create_SAGAcatalog.plにcheck_confirmedを実装。 * 検索時に同一データと見なすべき論文の組み合わせ(2017/01/20) [#z60b0d2c] - B0099 Aden+09とB0115 Koch+13 * 星同定プログラムのテスト(2016/12/08) [#s1f800db] - create_SAGAcatalog.plのパラメターチェック: COLOR(RED){別天体のはずだが、距離が近いため同一視されてしまう天体。} -- Draco-587586 (B0123, Kirby+15) & Dra588255 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 7.264 sec --- Draco-587586 => [BFO2002] Dra 21171 --- Dra 588255 => 2MASS J17205663+5751570 -- Draco-597073 (B0123, Kirby+15) & Dra597940 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 5.206 sec --- Draco-597073 => [BFO2002] Dra 10867 --- Dra 597940 => [BFO2002] Dra 11748 -- Draco-615574 (B0123, Kirby+15) & Dra615648 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 9.491 sec --- Draco-615574 => [BFO2002] Dra 10351 --- Dra 615648 => [BFO2002] Dra 10971 -- UrsaMinor-Bel30963 (B0123, Kirby+15) & UMiBel30175 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 7.319 sec --- UMi 30963 => [BFO2002] UMi 30963 --- UMi 30175 => 2MASS J15094819+6720179 -- 227 (B0029, Kirby+09) & Scl1012268 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 9.255 sec --- 227 => SCMS 358 ([KGB2009] J010011.2-333803) --- Scl 1012268 => [WMO2009] Scl-1324 -- Sculptor-1014192 (B0123, Kirby+15) & 283 (B0029, Kirby+09), d( ang ) = 7.639 sec --- Scl 1014192 => 2MASS J01001911-3340074 --- 283 => &color(green,yellow){[MFW2011] 3087 ?}; -- Sculptor-1011587 (B0123, Kirby+15) & 201 (B0001, Kirby+09), d( ang ) = 8.860 sec --- Scl 1011587 => [KGS2010] Scl 1011587 --- 201 => &color(green,yellow){[MFW2011] 1194 or [V78] 448 -- Variable Star}; -- Sculptor-1010320 (B0123, Kirby+15) & Scl1010229 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 5.121 sec --- Scl 1010320 => 2MASS J01000098-3341359 --- Scl 1010229 => [MFW2011] 1057 -- Sculptor-1011873 (B0123, Kirby+15) & Scl1011955 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 4.677 sec --- Scl 1011873 => [MFW2011] 1107 --- Scl 1011955 => [MFW2011] 1106 -- Fornax-56106 (B0123, Kirby+15) & For56884 (B0001, Kirby+10), d( ang ) = 7.682 sec --- For 56106 => [KGS2010] For 56106 --- For 56884 => [KGS2010] For 56884 - COLOR(RED){距離は離れているが、同一天体の可能性が高い天体。注意深く確認する必要がある。} -- Boo-007 (Feltzing+09) & Boo-7 (Norris+10), d( ang ) = 7.734 --- Boo-007 => 7.59 sec distant --- Boo-7 => 2MASS J13593551+1420237 -- Boo-117 (Feltzing+09) & Boo-4 (Martin+07), d( ang ) = 7.132 --- Boo-117 => 2MASS J14001049+1431454 (7.16 sec distant) --- Boo-4 => IDなしだが、SIMBADではradial velocity = 98.2 km/s from Martin+07 -- Boo-094 (Feltzing+09) & Boo-94 (Norris+10), d( ang ) = 7.428 --- Boo-094 => 7.41 sec distant --- Boo-94 => 2MASS J14003150+1434034 -- CVnI-168 (Martin+07) & CVnI542-1159 (Kirby+10), d( ang ) = 7.150 &COLOR(RED,YELLOW){別天体}; --- CVnI-168 => [KGS2010] CVnI 542 1166 (同一天体確認済み) --- CVnI542-1159 => [KGS2010] CVnI 542 1159 -- Sex623 (Kirby+10) & sext-025 (Battaglia+11), d( ang ) = 9.407 &COLOR(RED,YELLOW){別天体}; --- Sex623 => [WMO2009] Sex-530 --- sext-025 => [BTH2011] 25 (Sex514: Kirby+10と同一天体) -- For54523 (B0001, Kirby+10) & Fornax-413 (Pont+04), d( ang ) = 8.533 &COLOR(RED,YELLOW){別天体}; --- For54523 => [WMO2009] For-1181 --- Fornax-413 => 2MASS J02394647-3428206 -- LG04c_000951 (Koch+08) & Carina-Car13 (Fabrizio+15) d( ang ) = 7.593 --- LG04c_000951 => 7.53 sec distant --- Carina-Car13 => 2MASS J06395579-5057365 * 採録が不要な文献のリスト(2016/10/18) [#k67b503c] - B0104: Fabrizio et al. (2012, PASP) -- B0127: Fabrizio et al. (2015, A&A)で同じFe Iのデータが使われている。ただし、Fe IIはB0127では採録されていない。 * 採録が必要な文献のリスト(2016/10/18) [#if7b34da] - A0266: Fabbian et al. (2009) -- 以前に竹田さんから指摘あり。Placco et al. 2016でも引用あり。 - B0113: Aden et al. (2009) -- photometryだけでなく、spectroscopyもあり。 - B0115: Koch et al. (2013) -- log-e(Ba)をEWから決定。abundance以外は入力済み。3 sigma dataを採録すべきか。[Fe/H]と[Ca/H]もついでに？ * 星座名の略称(2016/10/03) [#i1769f73] - [[Constellation abbreviation:http://www.astro.wisc.edu/~dolan/constellations/abbrevs.html]] * 作業メモ(2016/08/02) [#b3369766] - data_sameとdata_anyを実装。element speciesも選択できる仕様にしたはずが、うまくいっていない。今後の課題としておく。 -- Search_Mode.pm, L754 * 検索改良時のメモ(2016/07/29) [#i66fff40] - data_choice: data_same -- 同一論文からのデータのみをプロット。複数ある場合もプロットして同じ天体を線で結んで表示。ただし、検索結果一覧からプロットするデータを選び直すことはできない。 -- 最終結果のテーブル(tmp_ID_1)にEntryを含む。 - data_choice: data_any -- 同一論文からでなくてもデータをプロット。プロットするデータは一天体につき一つ。検索結果一覧からプロットするデータを再選択することができる。 -- 優先順位のオプションとして同一論文を優先するか、内部の優先順位に従うかを選択可能にする予定だが、前者のオプションは技術的にかなり困難。 -- 最終結果のテーブルにEntryを含まない。 * 検索アルゴリズム改良中(2016/07/08) [#beda5d82] - 一つの天体の一つの元素に対して複数の測定値がある場合のテーブルの表示、プロットの方法。 &ref(Debugging_CS22948-027_20160708.png); * Stored function (2016/05/31) [#g9271b45] - レコード内の文字列を指定されたデリミタで分割して必要な要素を取り出す。 -- SPLIT_STR( string, delimiter, position ) - 参考にしたサイト https://blog.fedecarg.com/2009/02/22/mysql-split-string-function/ * データ入力漏れ [#c9718454] - A0240 Sbordone et al. (2010) * データ入力要修正箇所 [#ebee62a9] - Reddy+06 - HD78558: &color(red){Teff=554}; * Editorバグ [#r06fceba] - Table editorで"delete nth column"が機能しない。 * 緊急で採録すべき論文(2016/04/25) [#gf39e1dc] - B0104 -- NLTE Fe abundances only.採録不要。 - B0119 -- 353 stars with R~16,000. Fe, Mg, Si, Ti abundances using CaT method. - B0128 -- Segue2 with DEIMOS (R~7,000). Fe, Mg, Ca, Ti abundances for 9 stars. - B0129 -- 5 stars with UVES (R~40,000). - B0130 -- 94 stars with VIMOS (R~1,100). Fe, C, N, (O) abundances. * SAGA Catalog作成(2016/04/18) [#gb261e82] - 2天体間の距離を計算するスクリプトを作成。結果はCatalog/Object_Identification/以下に出力。 - やや距離が離れているが同一天体とされた天体のリスト。confirmed_objectsより抜粋。 ---------- [ 411] ---------- distance = 2.637, d( V ) = 0.109 B0001 UMiBel20103 150957.55 +670927.7 18.301E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 B0107 UMi20103 150958 +670928 18.41 E.N.Kirby+,AJ, 144, 168, 2012 ---------- [1267] ---------- distance = 1.115, d( V ) = 0.009 B0006 ET0107 024019.29 -343611.5 18.625 G.Battaglia+,, 459, 423, 2006 B0048 Fornax-805 024019.25 -343612.50 18.634 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 ---------- [1282] ---------- distance = 1.026, d( V ) = 0.040 B0006 ET0126 024000.68 -343804.5 18.68 G.Battaglia+,, 459, 423, 2006 B0048 Fornax-816 024000.72 -343805.40 18.72 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 ---------- [1318] ---------- distance = 2.836, d( V ) = 0.040 B0037 LG04a_001556 064217 -505555 17.82 A.Koch+,AJ, 135, 1580, 2008 B0102 Car-705 064217.3 -505555 17.78 K.A.Venn+,ApJ, 751, 102, 2012 - 同一天体候補であったが、確定しなかった天体。一部の同一論文天体の場合を除く。candidate_objectsより抜粋。 [205] ## Not Identical ## # Same Entry, distance = 0.0000：【同一座標、同一論文】 Entry: B0057, Population: CANESVENATICI, Object: CVnI-123, V = --- arcsec = 0.0800106694299995 Entry: B0057, Population: CANESVENATICI Object: CVnI-179, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0057 CVnI-123 132811.71 +333407.8 ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007 B0057 CVnI-179 132811.71 +333407.8 ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007 [213] ## Not Identical ## # Same Entry, distance = 0.0000：【同一座標、同一論文】 Entry: B0057, Population: CANESVENATICI, Object: CVnI-118, V = --- arcsec = 0.0800165394743684 Entry: B0057, Population: CANESVENATICI Object: CVnI-164, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0057 CVnI-118 132734.95 +333430.6 ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007 B0057 CVnI-164 132734.95 +333430.6 ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007 [697] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 2.385 > 1.000, distance = 2.3852 Entry: B0029, Population: SCULPTOR, Object: 162, V = --- arcsec = 0.0801067257127197 Entry: B0001, Population: SCULPTOR Object: Scl1010568, V = 17.967 arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0029 162 010002.4 -334020 ---E.N.Kirby+,ApJ, 705, 328, 2009 B0001 Scl1010568 010002.22 -334020.8 17.967E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 [1092] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 2.427 > 1.000, distance = 2.4270 Entry: B0123, Population: FORNAX, Object: Fornax-61318, V = --- arcsec = 0.0807948127802151 Entry: B0001, Population: FORNAX Object: For61117, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0123 Fornax-61318 023952.73 -342352.0 ---E.N.Kirby+,ApJ, 801, 125, 2015 B0001 For61117 023952.54 -342352.6 ---E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 [1098] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.161 > 1.000, distance = 1.1610 Entry: B0009, Population: FORNAX, Object: BL081, V = --- arcsec = 0.0807997747971416 Entry: B0048, Population: FORNAX Object: Fornax-218, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0009 BL081 023956.01 -342410.5 ---B.Letarte+,AAP, 523, A17, 2010 B0048 Fornax-218 023956.04 -342411.60 --- F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 [1154] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.117 > 1.000, distance = 1.1174 Entry: B0048, Population: FORNAX, Object: Fornax-409, V = 18.882 arcsec = 0.0808713407352789 Entry: B0001, Population: FORNAX Object: For61505, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0048 Fornax-409 023952.80 -342836.80 18.882 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 B0001 For61505 023952.89 -342836.9 ---E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 [1269] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.027 > 1.000, distance = 1.0266 Entry: B0123, Population: FORNAX, Object: Fornax-91907, V = --- arcsec = 0.080980439897913 Entry: B0048, Population: FORNAX Object: Fornax-803, V = 18.796 arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0123 Fornax-91907 024021.49 -343520.9 ---E.N.Kirby+,ApJ, 801, 125, 2015 B0048 Fornax-803 024021.45 -343521.80 18.796 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 [1282] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.100 > 1.000, distance = 1.1000 Entry: B0001, Population: FORNAX, Object: For74388, V = --- arcsec = 0.0809999420561094 Entry: B0048, Population: FORNAX Object: Fornax-812, V = 18.484 arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0001 For74388 024004.99 -343632.9 ---E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010 B0048 Fornax-812 024004.99 -343634.00 18.484 F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004 [1328] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.045 > 1.000, distance = 1.0447 Entry: B0102, Population: Carina, Object: Car-524, V = 17.63 arcsec = 0.105599630417345 Entry: B0127, Population: Carina Object: Carina-Car25, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0102 Car-524 064114.6 -505110 17.63 K.A.Venn+,ApJ, 751, 102, 2012 B0127 Carina-Car25 064114.71 -505110.08 ---M.Fabrizio+,AAP, 580, A18, 2015 [1331] ## Not Identical ## # |V(1) - V(2)| = 0.840 > 0.400 mag, distance = 0.3531 Entry: B0043, Population: Carina, Object: LG04a_001875, V = 18.9 arcsec = 0.105675921113339 Entry: B0065, Population: Carina Object: MKV0596, V = 18.06 arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0043 LG04a_001875 064118.01 -505311.19 18.9 A.Koch+,AJ, 131, 895, 2006 B0065 MKV0596 064118.04 -505311.40 18.06B.Lemasle+,AAP, 538, A100, 2012 [1333] ## Not Identical ## # V mag is not available, distance = 1.423 > 1.000, distance = 1.4230 Entry: B0102, Population: Carina, Object: Car-612, V = 17.82 arcsec = 0.1056909270686 Entry: B0127, Population: Carina Object: Carina-Car19, V = --- arcsec = --- Entry Object RA Decl V Reference B0102 Car-612 064058.6 -505335 17.82 K.A.Venn+,ApJ, 751, 102, 2012 B0127 Carina-Car19 064058.46 -505335.52 ---M.Fabrizio+,AAP, 580, A18, 2015 * Google Analyticsインストールに挑戦中(2015/05/16) [#o8913ed4] - トラッキングコードのインストールに失敗 <script> (function(i,s,o,g,r,a,m){i['GoogleAnalyticsObject']=r;i[r]=i[r]||function(){ (i[r].q=i[r].q||[]).push(arguments)},i[r].l=1*new Date();a=s.createElement(o), m=s.getElementsByTagName(o)[0];a.async=1;a.src=g;m.parentNode.insertBefore(a,m) })(window,document,'script','//www.google-analytics.com/analytics.js','ga'); ga('create', 'UA-63053414-1', 'auto'); ga('send', 'pageview'); </script> * 練習用エントリー(2015/04/16) [#t915bd0e] - A0314 - A0313 - A0165: Boesgaard+99, online data available now - A0256: [Fe/H] > -2.5, but includes [Fe/H]~-2.3 * MySQLでファイルを読み込んでテーブルに登録する場合の注意点(2014/05/22) [#c9510bf9] - MySQLのセキュリティ対策の影響で&color(red){load data infile};でエラーが生じる。 -- &color(red){load data infile};だとファイルが存在しないというエラーが発生。 -- &color(red){load data local infile};だとこのバージョンではこのコマンドは許可されないというエラーが発生。 -- &color(blue){--enable-local-infile};オプションをつける事でエラーを回避できる。 mysql --enable-local-infile saga_debug -u suda -p < List_Object.sql * dSph検索改良(2014/02/21) [#w6a70b50] - 検索トップで検索対象の銀河を選択できるように改良した。 - Temporary_Table.pmにRetrieve_Orを追加。これまではAND検索のみしか実装していなかったのでOR検索も導入した。 -- &color(red){Retrieve_Orは引数へのアクセスを許可しているイレギュラーなメソッドであるので注意。}; * データ書き出し&プロットテストスクリプト(2014/02/20) [#fdc35989] - test_srba/Search_Mode.pm, L197以降にデータとプロットスクリプトを書き出すテストスクリプトを追加した。 -- このスクリプトは同一論文からのデータを優先的に選択する機能を盛り込んである。 -- [Fe/H], [X/Fe], [Y/Fe], [X/Y]の場合にのみ対応しており、軸選択に対する汎用性はまだ実装していない。 - 結果はtest_plot以下にまとめて置いてある。READMEに詳細を記述してある。 * Local Group自動プロットの結果 [#m7c33d57] - result_auto_plot1.pdf: 試作版。すべての登録データを使用。データ点20以上のみを抽出。ただし、組成は[X/Fe]のみ。B0031に誤りあり。1133ページ。 - result_auto_plot2.pdf: 試作版2。すべての登録データを使用。ただし、組成は[X/Fe]のみ。B0031に誤りあり。1152ページ。 - result_auto_plot3.pdf: 物理量を抽出。組成は[X/Fe], [X/H], log-e同士の相関を含む。B0031のデータ修正済。1420ページ。 - result_auto_plot4.pdf: 同上。R>5000のデータのみ抽出。1374ページ。 Number of data >= 20: 1374, >= 50: 758, >=100: 355 - result_auto_plot5.pdf: R>5000、かつupper limitを除いたデータのうちデータ点が50以上のもののみを抽出。605ページ。 * Local Groupのデータ登録時の注意。（最終更新2013/08/21） [#zc211ffb] - 以下のスクリプトを動かしてB0001の種族データを変更する。MySQLからデータを取得するのでCSVファイルに変更があった場合は一度登録してからスクリプトを動かす必要がある。 %> $SAGA_HOME/Registration_LG/rewrite_population_B0001.pl - ファイルをコピー。 %> mv $SAGA_HOME/Registration_LG/B0001_observation_rev.csv $SAGA_HOME/CSVfile_LG/B0001/B0001_observation.csv - 最後にデータの登録作業を開始。 %> $SAGA_HOME/Registration_LG/registration.pl - Data_RatingのClassification::Update_Commentを実行するとobservationテーブルのレコードが削除されてしまう。 -- 原因は不明だが、Classが定義されないためと考えられる。 -- 当面の対処法は一度登録した後で再度List2SQLのみを実行する。 * SAGAプロット自動生成スクリプト（最終更新2013/08/16） [#ccd3fd9d] saga:/home/suda/public_html/Data_Mining/ - 検索システムを自動実行 - test_allリビジョン886をコピー * Previous versionのプロットが出来ない。(2013/06/03) [#bd7cd30b] - 原因不明。 * Keele mirrorアップデート用依頼メールテンプレート(2012/08/06) [#naed4155] Dear Barry, I would like you to update the SAGA database by running the following commands on forum. % mysql -u root -p < /home/html/saga/backup/bak120806_saga20120806.sql % mysql -u root -p < /home/html/saga/backup/bak101104_saga20101031.sql % mysql -u root -p mysql> grant select, insert, update, delete, create, drop, references, index, alter on `saga20101031`.* to suda@localhost; mysql> grant select on `saga20101031`.* to saga_user@localhost; mysql> flush privileges; Thank you very much in advance for your help. Regards, Takuma * dokuwikiアップデート方法(100118,101031) [#ubc8dc2b] - 厄介なので注意。 - http://www.dokuwiki.org/ja:install:upgrade - 1.現在稼働中の Wiki 全体のバックアップを取る。 -- バックアップは/mnt/work4/dbworker/bak/public_html/に自動的に取られているので特に必要はない。 - 2.http://splitbrain.org/go/dokuwikiより、新バージョンの圧縮ファイルをダウンロードし、これを 展開 する。また、Changelog をチェックする。 tar -xzvf dokuwiki-xxxx-xx-xx.tgz - 3.すべてのファイルをインストール済みの旧バージョン DokuWiki のファイルを上書きするように、コピー/アップロードする。dbworkerは"cp -i"がデフォルトでセットされているので注意。 /home/dbworker/public_html/tmp> unalias cp /home/dbworker/public_html/tmp> cp -rf dokuwiki-xxxx-xx-xx/* ../wiki/ 1. 新バージョンでは使われないファイルを削除する（下のリストを参照）。 2. 必要であれば、 パーミッション を変更する。data/ ディレクトリの下の index/ や tmp/ は比較的新しいので該当する可能性あり。 - トップページを表示しようとすると次のようなエラーが出る。 * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/conf/ is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/pages is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/attic is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/media is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/meta is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/cache is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/locks is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/index is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/tmp is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory! -- 必要なコマンドは以下の通り。 > cd /home/dbworker/public_html/wiki/ > chmod 777 conf > chmod 777 data > chmod 777 data/* > chmod 644 data/_dummy 3. 必要であれば .htaccess ファイルに変更を加える（ステップ 1 を参照）。 4. プラグインの新バージョンを入れる。 * sagaでのsubversionの導入(2010/06/23) [#lf87245b] - subversionの管理設定 %> svnadmin create /home/dbworker/svn - subversionのリポジトリアクセス権の設定 %> su #> /usr/sbin/groupadd sagateam #> /usr/sbin/usermod -g sagateam suda usermod: sudaは /etc/passwd中に見付かりません !!! ユーザー情報は、astro1:/var/yp/src/passwdにある。 - グループ管理は/etc/groupの直接編集で解決 -- グループ名：sagateam -- メンバー：dbworker, kat, suda, yamada * CVSエラー(100420) [#he672a30] - dbworker@sagaのRetrievalでcvs updateをすると以下のようなエラーが発生する。また、エラー発生直後に再度パスワードを要求される。yuiなどのディレクトリについてはCVSのチェックが働いていないようだ。原因は不明。 saga.sci.hokudai.ac.jp[106][Retrieval]% cvs up dbworker@astro3's password: ? Data_Axis2.pm ? Doxyfile ? Plot_Candidate.pm ? Query_Mode2.pm ? debug ? del_log ? doxygen ? images ? log ? tmp cvs update: Updating . cvs update: Updating css cvs update: failed to create lock directory for `/var/cvs/astrodb/Retrieval/css' (/var/cvs/astrodb/Retrieval/css/#cvs.lock): Permission denied cvs update: failed to obtain dir lock in repository `/var/cvs/astrodb/Retrieval/css' cvs [update aborted]: read lock failed - giving up dbworker@astro3's password: Permission denied, please try again. dbworker@astro3's password: ? javascript/query_list2.js cvs update: Updating javascript * SAGAアクセス解析結果(100218) [#n118e72f] - Generated 18-Feb-2010 04:36 JST &ref(access2010Feb.png); * Perlモジュールの利用に関する注意(100122) [#ma7265a4] - モジュールの名称には一定の制限があるらしい。たとえばDictionary.pmというモジュールを作成するとnewは呼び出せるが、それ以外に定義したメソッドは必ずCan't locate object method ...のエラーが表示される（ただし、コンパイルは通る）。対処法は名前の変更しかないでしょう。あまり単純な名前のモジュール名はつけないほうがいいということです。 * SAGAアクセス解析結果(091018) [#n118e72f] &ref(access2009Oct.png); * SAGAデータレコード件数推移(091018) [#ve02c7c4] - 年々減りつつあります。特に2006年以降大きく減少しています。1レコードは1天体の1元素組成としています。 2000 3389 2001 1329 2002 2837 2003 2056 2004 3185 2005 5339 2006 1482 2007 1357 2008 1234 2009 174 * SAGAデータベース容量カウント(091018) [#f07c44ce] - MySQLデータ容量：カタログデータを除いたバックアップファイルの容量。最新版では15MB。 -- saga:/home/suda/public_html/backup/data_wo_HDcatalogue.sql - Registration/html/以下のファイルの容量。現在24MB。 - Registration/images/以下のファイルの容量。現在9.7MB。 - 年度あたりのデータ容量は全て足して10で割る（2000-2009年）と4.87MB。 * MySQLテーブル作成時のエラー(090902) [#g02ed6d4] - 複合キーを使ってauthorsテーブルを作ろうとしたら次のようなエラーが起こって、テーブルが作成できなかった。 DBD::mysql::st execute failed: BLOB/TEXT column 'Author' used in key specification without a key length at list2sql.pl line 360, <SQL> line 9. DBD::mysql::st execute failed: Table 'saga.authors' doesn't exist at list2sql.pl line 360, <SQL> line 12. - 複合キーとなる項目の型が"text"になっていたため、エラーが発生していた。"text"を"varchar(20)"とすると回避できた。 * SAGAでのapache設定に失敗(090215) [#z847e211] - ユーザーディレクトリで検索システムを動かそうとしたら失敗した。以前も試してみたがCGIが動かない。 - /etc/httpd/conf/httpd.confを編集し、Apacheを再起動してみたが（/etc/rc.d/init.d/httpd restart）動かなかった。httpd.confの元のファイルはhttd.conf090215としてバックアップを取っておいた。以下、参考URL http://www.jp.redhat.com/support/manuals/rhl-rg-ja-7.0/x7345.html http://fedorasrv.com/apache.shtml http://www.rfs.jp/sb/perl/08/07.html * SIMBADでの天体名検索について(090215) [#y3e838ce] - これまではSIMBAD EXPLOREREなどで使われる天体検索は天体名称のIDで行っていたが、文献で検索するという方法もある。SDSS天体のようにSIMBADで検索できない名称が使われている場合には、こちらをつかってはどうだろうか。例えば、以下のURLで論文に載っている天体の一覧が取得できる。ただし、データの詳細はテーブルのリンクをたどらなければ取得出来ない。 http://simbad.u-strasbg.fr/simbad/sim-ref?bibcode=2008ApJ...678.1351A&simbo=on&submit=submit%20bibcode * SAGAでのデータベース旧バージョンの取得 [#bb532ed2] - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout -D "11/20/08 00:00:00" Retrieval - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout -D "11/30/08 00:00:00" Registration - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout CSVfile - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Editor - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Lib - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Tools - dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Dictionaries * データベース復旧(2008/12/21) [#m21a395c] - Retrieval20081123 - CSV fileの復元 > cd ~/public_html/DB/tmp/ > cvs checkout -D 11/23/08 CSVfile > mv CSVfile ../CSVfile_112308 - Retrievalの復元 > cd ~/public_html/DB/tmp/ > cvs checkout -D 11/23/08 Retrieval > mv Retrieval ../Retrieval_112308 > cd Retrieval_112308/ > mv Query_Mode.pm Query_Mode20081123.pm > mv Search_Mode.pm Search_Mode20081123.pm > mv Temporary_Table.pm Temporary_Table20081123.pm > vi db.cgi ("use Module;"部分を変更） - Registrationの復元 > cd ~/public_html/DB/Registration/ > cvs update -r 1.23 list2sql.pl > cvs update -D 11/23/08 > cvs tag -b before20081123 > cvs updae -r before20081123 - データの登録 > ./regist.sh *CVSシステム修復 [#t2014256] - ある日付のものを完成品として取り出す。 cvs -d /var/cvs/astrodb/ export -D date_spec Retrieval -- date_specの書式 1 month ago 2 hours ago 400000 seconds ago last year last Monday yesterday a fortnight ago 3/31/92 10:00:07 PST January 23, 1987 10:05pm 22:00 GMT *JVO用CSVファイル出力スクリプトの作成、実行(2008/7/13) [#acddd6ae] - Registrationをsaga1に対して実行 - 関連スクリプトはJVO::get_jvo.pl -- 出力ファイルはoutput -- エラーログはjvo_log.txt *誤差解析(2008/5/20) [#q73dc3bd] 異なる論文での同一天体の観測に対する系統誤差の比較 -多数の論文で観測されている天体の一覧(計20)（だいたい8編以上だがすべてではない） --BD+17 3248: found in 9 paper(s). --BD-18 5550: found in 11 paper(s). --BPS BS16467-062: found in 6 paper(s).+BPS BS16934-060: found in 1 paper(s). --BPS CS22878-101: found in 8 paper(s). --BPS CS22885-096: found in 8 paper(s). --BPS CS22892-052: found in 16 paper --BPS CS22949-037: found in 9 paper(s). --BPS CS31082-001: found in 11 paper --CD-38245: found in 8 paper(s). --HD108317: found in 7 paper(s). --HD122563: found in 16 paper(s). --HD126587: found in 9 paper(s). --HD128279: found in 8 paper(s). --HD140283: found in 13 paper(s). --HD186478: found in 11 paper(s). --HD19445: found in 7 paper(s). --HD218857: found in 7 paper(s). --HD2796: found in 11 paper(s). --HD4306: found in 9 paper(s). --LP815-43: found in 6 paper(s). *Retrieval(2008/5/12) [#j9c1a36c] -[X/Y]でのthreshould設定ができない。 --検索を終えてから一時テーブルを参照して条件をチェックする。 --どのデータを採用したかに依存するので、条件に合わなくても表示はした方がよい。 --条件にマッチした件数は、検索総数と並べて表示すべき。 *CVS外部アクセス [#t1f80aff] -setenv CVS_RSH ssh -cvs -d :ext:indigo:/home/suda/cvs/paper/ checkout paper7
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