SudaMemo の履歴(No.31)

緊急で採録すべき論文(2016/04/18)†

B0104
B0119
B0128
B0129
B0130

SAGA Catalog作成(2016/04/18)†

2天体間の距離を計算するスクリプトを作成。結果はCatalog/Object_Identification/以下に出力。

やや距離が離れているが同一天体とされた天体のリスト。confirmed_objectsより抜粋。

---------- [ 411] ----------  distance =  2.637, d( V ) =  0.109
  B0001         UMiBel20103     150957.55     +670927.7   18.301E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010
  B0107            UMi20103        150958       +670928    18.41 E.N.Kirby+,AJ, 144, 168, 2012
---------- [1267] ----------  distance =  1.115, d( V ) =  0.009
  B0006              ET0107     024019.29     -343611.5   18.625 G.Battaglia+,, 459, 423, 2006
  B0048          Fornax-805     024019.25    -343612.50   18.634    F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004
---------- [1282] ----------  distance =  1.026, d( V ) =  0.040
  B0006              ET0126     024000.68     -343804.5    18.68 G.Battaglia+,, 459, 423, 2006
  B0048          Fornax-816     024000.72    -343805.40    18.72    F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004
---------- [1318] ----------  distance =  2.836, d( V ) =  0.040
  B0037        LG04a_001556        064217       -505555    17.82   A.Koch+,AJ, 135, 1580, 2008
  B0102             Car-705      064217.3       -505555    17.78 K.A.Venn+,ApJ, 751, 102, 2012

同一天体候補であったが、確定しなかった天体。一部の同一論文天体の場合を除く。candidate_objectsより抜粋。

[205]  ## Not Identical ## # Same Entry, distance =     0.0000：【同一座標、同一論文】
Entry: B0057, Population: CANESVENATICI, Object: CVnI-123, V = ---  arcsec = 0.0800106694299995
Entry: B0057, Population: CANESVENATICI Object: CVnI-179, V = ---  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0057            CVnI-123     132811.71     +333407.8      ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007
  B0057            CVnI-179     132811.71     +333407.8      ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007
[213]  ## Not Identical ## # Same Entry, distance =     0.0000：【同一座標、同一論文】
Entry: B0057, Population: CANESVENATICI, Object: CVnI-118, V = ---  arcsec = 0.0800165394743684
Entry: B0057, Population: CANESVENATICI Object: CVnI-164, V = ---  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0057            CVnI-118     132734.95     +333430.6      ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007
  B0057            CVnI-164     132734.95     +333430.6      ---N.F.Martin+,MNRAS, 380, 281, 2007
[697]  ## Not Identical ## # V mag is not available, distance =  2.385 >  1.000, distance =     2.3852
Entry: B0029, Population: SCULPTOR, Object: 162, V = ---  arcsec = 0.0801067257127197
Entry: B0001, Population: SCULPTOR Object: Scl1010568, V = 17.967  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0029                 162      010002.4       -334020      ---E.N.Kirby+,ApJ, 705, 328, 2009
  B0001          Scl1010568     010002.22     -334020.8   17.967E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010
[1092]  ## Not Identical ## # V mag is not available, distance =  2.427 >  1.000, distance =     2.4270
Entry: B0123, Population: FORNAX, Object: Fornax-61318, V = ---  arcsec = 0.0807948127802151
Entry: B0001, Population: FORNAX Object: For61117, V = ---  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0123        Fornax-61318     023952.73     -342352.0      ---E.N.Kirby+,ApJ, 801, 125, 2015
  B0001            For61117     023952.54     -342352.6      ---E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010
[1098]  ## Not Identical ## # V mag is not available, distance =  1.161 >  1.000, distance =     1.1610
Entry: B0009, Population: FORNAX, Object: BL081, V = ---  arcsec = 0.0807997747971416
Entry: B0048, Population: FORNAX Object: Fornax-218, V = ---  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0009               BL081     023956.01     -342410.5      ---B.Letarte+,AAP, 523, A17, 2010
  B0048          Fornax-218     023956.04    -342411.60      ---    F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004
[1154]  ## Not Identical ## # V mag is not available, distance =  1.117 >  1.000, distance =     1.1174
Entry: B0048, Population: FORNAX, Object: Fornax-409, V = 18.882  arcsec = 0.0808713407352789
Entry: B0001, Population: FORNAX Object: For61505, V = ---  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0048          Fornax-409     023952.80    -342836.80   18.882    F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004
  B0001            For61505     023952.89     -342836.9      ---E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010
[1269]  ## Not Identical ## # V mag is not available, distance =  1.027 >  1.000, distance =     1.0266
Entry: B0123, Population: FORNAX, Object: Fornax-91907, V = ---  arcsec = 0.080980439897913
Entry: B0048, Population: FORNAX Object: Fornax-803, V = 18.796  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0123        Fornax-91907     024021.49     -343520.9      ---E.N.Kirby+,ApJ, 801, 125, 2015
  B0048          Fornax-803     024021.45    -343521.80   18.796    F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004
[1282]  ## Not Identical ## # V mag is not available, distance =  1.100 >  1.000, distance =     1.1000
Entry: B0001, Population: FORNAX, Object: For74388, V = ---  arcsec = 0.0809999420561094
Entry: B0048, Population: FORNAX Object: Fornax-812, V = 18.484  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0001            For74388     024004.99     -343632.9      ---E.N.Kirby+,ApJS, 191, 352, 2010
  B0048          Fornax-812     024004.99    -343634.00   18.484    F.Pont+,AJ, 127, 840, 2004
[1328]  ## Not Identical ## # V mag is not available, distance =  1.045 >  1.000, distance =     1.0447
Entry: B0102, Population: Carina, Object: Car-524, V = 17.63  arcsec = 0.105599630417345
Entry: B0127, Population: Carina Object: Carina-Car25, V = ---  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0102             Car-524      064114.6       -505110    17.63 K.A.Venn+,ApJ, 751, 102, 2012
  B0127        Carina-Car25     064114.71    -505110.08      ---M.Fabrizio+,AAP, 580, A18, 2015
[1331]  ## Not Identical ## # |V(1) - V(2)| =  0.840 >  0.400 mag, distance =     0.3531
Entry: B0043, Population: Carina, Object: LG04a_001875, V = 18.9  arcsec = 0.105675921113339
Entry: B0065, Population: Carina Object: MKV0596, V = 18.06  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0043        LG04a_001875     064118.01    -505311.19     18.9    A.Koch+,AJ, 131, 895, 2006
  B0065             MKV0596     064118.04    -505311.40    18.06B.Lemasle+,AAP, 538, A100, 2012
[1333]  ## Not Identical ## # V mag is not available, distance =  1.423 >  1.000, distance =     1.4230
Entry: B0102, Population: Carina, Object: Car-612, V = 17.82  arcsec = 0.1056909270686
Entry: B0127, Population: Carina Object: Carina-Car19, V = ---  arcsec = ---
  Entry              Object            RA          Decl        V                     Reference
  B0102             Car-612      064058.6       -505335    17.82 K.A.Venn+,ApJ, 751, 102, 2012
  B0127        Carina-Car19     064058.46    -505335.52      ---M.Fabrizio+,AAP, 580, A18, 2015

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Google Analyticsインストールに挑戦中(2015/05/16)†

トラッキングコードのインストールに失敗

 <script>
 (function(i,s,o,g,r,a,m){i['GoogleAnalyticsObject']=r;i[r]=i[r]||function(){
 (i[r].q=i[r].q||[]).push(arguments)},i[r].l=1*new Date();a=s.createElement(o),
 m=s.getElementsByTagName(o)[0];a.async=1;a.src=g;m.parentNode.insertBefore(a,m)
 })(window,document,'script','//www.google-analytics.com/analytics.js','ga');
 ga('create', 'UA-63053414-1', 'auto');
 ga('send', 'pageview');
 </script>

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練習用エントリー(2015/04/16)†

A0314
A0313
A0165: Boesgaard+99, online data available now
A0256: [Fe/H] > -2.5, but includes [Fe/H]~-2.3

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MySQLでファイルを読み込んでテーブルに登録する場合の注意点(2014/05/22)†

MySQLのセキュリティ対策の影響でload data infileでエラーが生じる。
- load data infileだとファイルが存在しないというエラーが発生。
- load data local infileだとこのバージョンではこのコマンドは許可されないというエラーが発生。
- --enable-local-infileオプションをつける事でエラーを回避できる。
```
mysql --enable-local-infile saga_debug -u suda -p < List_Object.sql
```

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dSph検索改良(2014/02/21)†

検索トップで検索対象の銀河を選択できるように改良した。
Temporary_Table.pmにRetrieve_Orを追加。これまではAND検索のみしか実装していなかったのでOR検索も導入した。
- Retrieve_Orは引数へのアクセスを許可しているイレギュラーなメソッドであるので注意。

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データ書き出し&プロットテストスクリプト(2014/02/20)&aname(fdc35989,super,full,nouserselect){†};

test_srba/Search_Mode.pm, L197以降にデータとプロットスクリプトを書き出すテストスクリプトを追加した。
- このスクリプトは同一論文からのデータを優先的に選択する機能を盛り込んである。
- [Fe/H], [X/Fe], [Y/Fe], [X/Y]の場合にのみ対応しており、軸選択に対する汎用性はまだ実装していない。
結果はtest_plot以下にまとめて置いてある。READMEに詳細を記述してある。

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Local Group自動プロットの結果†

result_auto_plot1.pdf: 試作版。すべての登録データを使用。データ点20以上のみを抽出。ただし、組成は[X/Fe]のみ。B0031に誤りあり。1133ページ。
result_auto_plot2.pdf: 試作版2。すべての登録データを使用。ただし、組成は[X/Fe]のみ。B0031に誤りあり。1152ページ。
result_auto_plot3.pdf: 物理量を抽出。組成は[X/Fe], [X/H], log-e同士の相関を含む。B0031のデータ修正済。1420ページ。
result_auto_plot4.pdf: 同上。R>5000のデータのみ抽出。1374ページ。
```
Number of data >= 20: 1374, >= 50: 758, >=100: 355
```
result_auto_plot5.pdf: R>5000、かつupper limitを除いたデータのうちデータ点が50以上のもののみを抽出。605ページ。

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Local Groupのデータ登録時の注意。（最終更新2013/08/21）†

以下のスクリプトを動かしてB0001の種族データを変更する。MySQLからデータを取得するのでCSVファイルに変更があった場合は一度登録してからスクリプトを動かす必要がある。
```
%> $SAGA_HOME/Registration_LG/rewrite_population_B0001.pl
```

ファイルをコピー。

%> mv $SAGA_HOME/Registration_LG/B0001_observation_rev.csv $SAGA_HOME/CSVfile_LG/B0001/B0001_observation.csv

最後にデータの登録作業を開始。

%> $SAGA_HOME/Registration_LG/registration.pl

Data_RatingのClassification::Update_Commentを実行するとobservationテーブルのレコードが削除されてしまう。
- 原因は不明だが、Classが定義されないためと考えられる。
- 当面の対処法は一度登録した後で再度List2SQLのみを実行する。

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SAGAプロット自動生成スクリプト（最終更新2013/08/16）†

saga:/home/suda/public_html/Data_Mining/

検索システムを自動実行
test_allリビジョン886をコピー

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Previous versionのプロットが出来ない。(2013/06/03)†

原因不明。

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Keele mirrorアップデート用依頼メールテンプレート(2012/08/06)†

Dear Barry,

I would like you to update the SAGA database by running the following commands on forum.

% mysql -u root -p < /home/html/saga/backup/bak120806_saga20120806.sql
% mysql -u root -p < /home/html/saga/backup/bak101104_saga20101031.sql

% mysql -u root -p

mysql> grant select, insert, update, delete, create, drop, references, index, alter on `saga20101031`.* to suda@localhost;

mysql> grant select on `saga20101031`.* to saga_user@localhost;
mysql> flush privileges;

Thank you very much in advance for your help.

Regards,
Takuma

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dokuwikiアップデート方法(100118,101031)†

厄介なので注意。
http://www.dokuwiki.org/ja:install:upgrade
1.現在稼働中の Wiki 全体のバックアップを取る。
- バックアップは/mnt/work4/dbworker/bak/public_html/に自動的に取られているので特に必要はない。
2.http://splitbrain.org/go/dokuwikiより、新バージョンの圧縮ファイルをダウンロードし、これを展開する。また、Changelog をチェックする。
```
tar -xzvf dokuwiki-xxxx-xx-xx.tgz
```

3.すべてのファイルをインストール済みの旧バージョン DokuWiki のファイルを上書きするように、コピー/アップロードする。dbworkerは"cp -i"がデフォルトでセットされているので注意。

/home/dbworker/public_html/tmp> unalias cp
/home/dbworker/public_html/tmp> cp -rf dokuwiki-xxxx-xx-xx/* ../wiki/
  1. 新バージョンでは使われないファイルを削除する（下のリストを参照）。
  2. 必要であれば、 パーミッション を変更する。data/ ディレクトリの下の index/ や tmp/ は比較的新しいので該当する可能性あり。

トップページを表示しようとすると次のようなエラーが出る。

   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/conf/ is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/pages is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/attic is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/media is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/meta is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/cache is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/locks is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/index is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
   * {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/tmp is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!

必要なコマンドは以下の通り。

> cd /home/dbworker/public_html/wiki/
> chmod 777 conf
> chmod 777 data
> chmod 777 data/*
> chmod 644 data/_dummy

  3. 必要であれば .htaccess ファイルに変更を加える（ステップ 1 を参照）。
  4. プラグインの新バージョンを入れる。

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sagaでのsubversionの導入(2010/06/23)†

subversionの管理設定
```
%> svnadmin create /home/dbworker/svn
```

subversionのリポジトリアクセス権の設定

%> su
#> /usr/sbin/groupadd sagateam
#> /usr/sbin/usermod -g sagateam suda
usermod: sudaは /etc/passwd中に見付かりません
!!! ユーザー情報は、astro1:/var/yp/src/passwdにある。

グループ管理は/etc/groupの直接編集で解決
- グループ名：sagateam
- メンバー：dbworker, kat, suda, yamada

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CVSエラー(100420)†

dbworker@sagaのRetrievalでcvs updateをすると以下のようなエラーが発生する。また、エラー発生直後に再度パスワードを要求される。yuiなどのディレクトリについてはCVSのチェックが働いていないようだ。原因は不明。

saga.sci.hokudai.ac.jp[106][Retrieval]% cvs up
dbworker@astro3's password: 
? Data_Axis2.pm
? Doxyfile
? Plot_Candidate.pm
? Query_Mode2.pm
? debug
? del_log
? doxygen
? images
? log
? tmp
cvs update: Updating .
cvs update: Updating css
cvs update: failed to create lock directory for `/var/cvs/astrodb/Retrieval/css' (/var/cvs/astrodb/Retrieval/css/#cvs.lock): Permission denied
cvs update: failed to obtain dir lock in repository `/var/cvs/astrodb/Retrieval/css'
cvs [update aborted]: read lock failed - giving up
dbworker@astro3's password: 
Permission denied, please try again.
dbworker@astro3's password: 
? javascript/query_list2.js
cvs update: Updating javascript

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SAGAアクセス解析結果(100218)†

Generated 18-Feb-2010 04:36 JST

↑

Perlモジュールの利用に関する注意(100122)†

モジュールの名称には一定の制限があるらしい。たとえばDictionary.pmというモジュールを作成するとnewは呼び出せるが、それ以外に定義したメソッドは必ずCan't locate object method ...のエラーが表示される（ただし、コンパイルは通る）。対処法は名前の変更しかないでしょう。あまり単純な名前のモジュール名はつけないほうがいいということです。

↑

SAGAアクセス解析結果(091018)†

↑

SAGAデータレコード件数推移(091018)†

年々減りつつあります。特に2006年以降大きく減少しています。1レコードは1天体の1元素組成としています。
```
2000 3389
2001 1329
2002 2837
2003 2056
2004 3185
2005 5339
2006 1482
2007 1357
2008 1234
2009 174
```

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SAGAデータベース容量カウント(091018)†

MySQLデータ容量：カタログデータを除いたバックアップファイルの容量。最新版では15MB。
- saga:/home/suda/public_html/backup/data_wo_HDcatalogue.sql
Registration/html/以下のファイルの容量。現在24MB。
Registration/images/以下のファイルの容量。現在9.7MB。
年度あたりのデータ容量は全て足して10で割る（2000-2009年）と4.87MB。

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MySQLテーブル作成時のエラー(090902)†

複合キーを使ってauthorsテーブルを作ろうとしたら次のようなエラーが起こって、テーブルが作成できなかった。

DBD::mysql::st execute failed: BLOB/TEXT column 'Author' used in key specification without a key length at list2sql.pl line 360, <SQL> line 9.
DBD::mysql::st execute failed: Table 'saga.authors' doesn't exist at list2sql.pl line 360, <SQL> line 12.

複合キーとなる項目の型が"text"になっていたため、エラーが発生していた。"text"を"varchar(20)"とすると回避できた。

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SAGAでのapache設定に失敗(090215)†

ユーザーディレクトリで検索システムを動かそうとしたら失敗した。以前も試してみたがCGIが動かない。
/etc/httpd/conf/httpd.confを編集し、Apacheを再起動してみたが（/etc/rc.d/init.d/httpd restart）動かなかった。httpd.confの元のファイルはhttd.conf090215としてバックアップを取っておいた。以下、参考URL
```
http://www.jp.redhat.com/support/manuals/rhl-rg-ja-7.0/x7345.html
http://fedorasrv.com/apache.shtml
http://www.rfs.jp/sb/perl/08/07.html
```

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SIMBADでの天体名検索について(090215)†

これまではSIMBAD EXPLOREREなどで使われる天体検索は天体名称のIDで行っていたが、文献で検索するという方法もある。SDSS天体のようにSIMBADで検索できない名称が使われている場合には、こちらをつかってはどうだろうか。例えば、以下のURLで論文に載っている天体の一覧が取得できる。ただし、データの詳細はテーブルのリンクをたどらなければ取得出来ない。
```
http://simbad.u-strasbg.fr/simbad/sim-ref?bibcode=2008ApJ...678.1351A&simbo=on&submit=submit%20bibcode
```

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SAGAでのデータベース旧バージョンの取得†

dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout -D "11/20/08 00:00:00" Retrieval
dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout -D "11/30/08 00:00:00" Registration
dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout CSVfile
dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Editor
dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Lib
dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Tools
dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Dictionaries

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データベース復旧(2008/12/21)†

Retrieval20081123

CSV fileの復元

> cd ~/public_html/DB/tmp/
> cvs checkout -D 11/23/08 CSVfile
> mv CSVfile ../CSVfile_112308

Retrievalの復元

> cd ~/public_html/DB/tmp/
> cvs checkout -D 11/23/08 Retrieval
> mv Retrieval ../Retrieval_112308
> cd Retrieval_112308/
> mv Query_Mode.pm Query_Mode20081123.pm
> mv Search_Mode.pm Search_Mode20081123.pm
> mv Temporary_Table.pm Temporary_Table20081123.pm
> vi db.cgi ("use Module;"部分を変更）

Registrationの復元

> cd ~/public_html/DB/Registration/
> cvs update -r 1.23 list2sql.pl
> cvs update -D 11/23/08
> cvs tag -b before20081123
> cvs updae -r before20081123

データの登録
```
> ./regist.sh
```

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CVSシステム修復†

ある日付のものを完成品として取り出す。

cvs -d /var/cvs/astrodb/ export -D date_spec Retrieval

date_specの書式

                   1 month ago
                   2 hours ago
                   400000 seconds ago
                   last year
                   last Monday
                   yesterday
                   a fortnight ago
                   3/31/92 10:00:07 PST
                   January 23, 1987 10:05pm
                   22:00 GMT

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JVO用CSVファイル出力スクリプトの作成、実行(2008/7/13)†

Registrationをsaga1に対して実行
関連スクリプトはJVO::get_jvo.pl
- 出力ファイルはoutput
- エラーログはjvo_log.txt

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誤差解析(2008/5/20)†

異なる論文での同一天体の観測に対する系統誤差の比較

多数の論文で観測されている天体の一覧(計20)（だいたい8編以上だがすべてではない）
- BD+17 3248: found in 9 paper(s).
- BD-18 5550: found in 11 paper(s).
- BPS BS16467-062: found in 6 paper(s).+BPS BS16934-060: found in 1 paper(s).
- BPS CS22878-101: found in 8 paper(s).
- BPS CS22885-096: found in 8 paper(s).
- BPS CS22892-052: found in 16 paper
- BPS CS22949-037: found in 9 paper(s).
- BPS CS31082-001: found in 11 paper
- CD-38245: found in 8 paper(s).
- HD108317: found in 7 paper(s).
- HD122563: found in 16 paper(s).
- HD126587: found in 9 paper(s).
- HD128279: found in 8 paper(s).
- HD140283: found in 13 paper(s).
- HD186478: found in 11 paper(s).
- HD19445: found in 7 paper(s).
- HD218857: found in 7 paper(s).
- HD2796: found in 11 paper(s).
- HD4306: found in 9 paper(s).
- LP815-43: found in 6 paper(s).

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Retrieval(2008/5/12)†

[X/Y]でのthreshould設定ができない。
- 検索を終えてから一時テーブルを参照して条件をチェックする。
- どのデータを採用したかに依存するので、条件に合わなくても表示はした方がよい。
- 条件にマッチした件数は、検索総数と並べて表示すべき。

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CVS外部アクセス†

setenv CVS_RSH ssh
cvs -d :ext:indigo:/home/suda/cvs/paper/ checkout paper7