SAGA
dSph検索改良(2014/02/21)†
- 検索トップで検索対象の銀河を選択できるように改良した。
- Temporary_Table.pmにRetrieve_Orを追加。これまではAND検索のみしか実装していなかったのでOR検索も導入した。
- Retrieve_Orは引数へのアクセスを許可しているイレギュラーなメソッドであるので注意。
データ書き出し&プロットテストスクリプト(2014/02/20)&aname(fdc35989,super,full,nouserselect){†};
- test_srba/Search_Mode.pm, L197以降にデータとプロットスクリプトを書き出すテストスクリプトを追加した。
- このスクリプトは同一論文からのデータを優先的に選択する機能を盛り込んである。
- [Fe/H], [X/Fe], [Y/Fe], [X/Y]の場合にのみ対応しており、軸選択に対する汎用性はまだ実装していない。
- 結果はtest_plot以下にまとめて置いてある。READMEに詳細を記述してある。
Local Group自動プロットの結果†
Local Groupのデータ登録時の注意。（最終更新2013/08/21）†
- 以下のスクリプトを動かしてB0001の種族データを変更する。MySQLからデータを取得するのでCSVファイルに変更があった場合は一度登録してからスクリプトを動かす必要がある。
%> $SAGA_HOME/Registration_LG/rewrite_population_B0001.pl
- ファイルをコピー。
%> mv $SAGA_HOME/Registration_LG/B0001_observation_rev.csv $SAGA_HOME/CSVfile_LG/B0001/B0001_observation.csv
- 最後にデータの登録作業を開始。
%> $SAGA_HOME/Registration_LG/registration.pl
- Data_RatingのClassification::Update_Commentを実行するとobservationテーブルのレコードが削除されてしまう。
- 原因は不明だが、Classが定義されないためと考えられる。
- 当面の対処法は一度登録した後で再度List2SQLのみを実行する。
SAGAプロット自動生成スクリプト（最終更新2013/08/16）†
saga:/home/suda/public_html/Data_Mining/
- 検索システムを自動実行
- test_allリビジョン886をコピー
Previous versionのプロットが出来ない。(2013/06/03)†
Keele mirrorアップデート用依頼メールテンプレート(2012/08/06)†
Dear Barry,
I would like you to update the SAGA database by running the following commands on forum.
% mysql -u root -p < /home/html/saga/backup/bak120806_saga20120806.sql
% mysql -u root -p < /home/html/saga/backup/bak101104_saga20101031.sql
% mysql -u root -p
mysql> grant select, insert, update, delete, create, drop, references, index, alter on `saga20101031`.* to suda@localhost;
mysql> grant select on `saga20101031`.* to saga_user@localhost;
mysql> flush privileges;
Thank you very much in advance for your help.
Regards,
Takuma
dokuwikiアップデート方法(100118,101031)†
- 厄介なので注意。
- http://www.dokuwiki.org/ja:install:upgrade
- 1.現在稼働中の Wiki 全体のバックアップを取る。
- バックアップは/mnt/work4/dbworker/bak/public_html/に自動的に取られているので特に必要はない。
- 2.http://splitbrain.org/go/dokuwikiより、新バージョンの圧縮ファイルをダウンロードし、これを 展開 する。また、Changelog をチェックする。
tar -xzvf dokuwiki-xxxx-xx-xx.tgz
- 3.すべてのファイルをインストール済みの旧バージョン DokuWiki のファイルを上書きするように、コピー/アップロードする。dbworkerは"cp -i"がデフォルトでセットされているので注意。
/home/dbworker/public_html/tmp> unalias cp
/home/dbworker/public_html/tmp> cp -rf dokuwiki-xxxx-xx-xx/* ../wiki/
1. 新バージョンでは使われないファイルを削除する（下のリストを参照）。
2. 必要であれば、 パーミッション を変更する。data/ ディレクトリの下の index/ や tmp/ は比較的新しいので該当する可能性あり。
- トップページを表示しようとすると次のようなエラーが出る。
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/conf/ is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/pages is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/attic is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/media is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/meta is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/cache is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/locks is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/index is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
* {DOCUMENT_ROOT}/wiki/data/tmp is not writable by DokuWiki. You need to fix the permission settings of this directory!
3. 必要であれば .htaccess ファイルに変更を加える（ステップ 1 を参照）。
4. プラグインの新バージョンを入れる。
sagaでのsubversionの導入(2010/06/23)†
CVSエラー(100420)†
- dbworker@sagaのRetrievalでcvs updateをすると以下のようなエラーが発生する。また、エラー発生直後に再度パスワードを要求される。yuiなどのディレクトリについてはCVSのチェックが働いていないようだ。原因は不明。
saga.sci.hokudai.ac.jp[106][Retrieval]% cvs up
dbworker@astro3's password:
? Data_Axis2.pm
? Doxyfile
? Plot_Candidate.pm
? Query_Mode2.pm
? debug
? del_log
? doxygen
? images
? log
? tmp
cvs update: Updating .
cvs update: Updating css
cvs update: failed to create lock directory for `/var/cvs/astrodb/Retrieval/css' (/var/cvs/astrodb/Retrieval/css/#cvs.lock): Permission denied
cvs update: failed to obtain dir lock in repository `/var/cvs/astrodb/Retrieval/css'
cvs [update aborted]: read lock failed - giving up
dbworker@astro3's password:
Permission denied, please try again.
dbworker@astro3's password:
? javascript/query_list2.js
cvs update: Updating javascript
SAGAアクセス解析結果(100218)†
- Generated 18-Feb-2010 04:36 JST
Perlモジュールの利用に関する注意(100122)†
- モジュールの名称には一定の制限があるらしい。たとえばDictionary.pmというモジュールを作成するとnewは呼び出せるが、それ以外に定義したメソッドは必ずCan't locate object method ...のエラーが表示される（ただし、コンパイルは通る）。対処法は名前の変更しかないでしょう。あまり単純な名前のモジュール名はつけないほうがいいということです。
SAGAアクセス解析結果(091018)†
SAGAデータレコード件数推移(091018)†
SAGAデータベース容量カウント(091018)†
- MySQLデータ容量：カタログデータを除いたバックアップファイルの容量。最新版では15MB。
- saga:/home/suda/public_html/backup/data_wo_HDcatalogue.sql
- Registration/html/以下のファイルの容量。現在24MB。
- Registration/images/以下のファイルの容量。現在9.7MB。
- 年度あたりのデータ容量は全て足して10で割る（2000-2009年）と4.87MB。
MySQLテーブル作成時のエラー(090902)†
- 複合キーを使ってauthorsテーブルを作ろうとしたら次のようなエラーが起こって、テーブルが作成できなかった。
DBD::mysql::st execute failed: BLOB/TEXT column 'Author' used in key specification without a key length at list2sql.pl line 360, <SQL> line 9.
DBD::mysql::st execute failed: Table 'saga.authors' doesn't exist at list2sql.pl line 360, <SQL> line 12.
- 複合キーとなる項目の型が"text"になっていたため、エラーが発生していた。"text"を"varchar(20)"とすると回避できた。
SAGAでのapache設定に失敗(090215)†
SIMBADでの天体名検索について(090215)†
SAGAでのデータベース旧バージョンの取得†
- dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout -D "11/20/08 00:00:00" Retrieval
- dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout -D "11/30/08 00:00:00" Registration
- dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout CSVfile
- dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Editor
- dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Lib
- dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Tools
- dbworker@saga > cvs -d :ext:astro3:/var/cvs/astrodb checkout Dictionaries
データベース復旧(2008/12/21)†
- Retrieval20081123
- CSV fileの復元
> cd ~/public_html/DB/tmp/
> cvs checkout -D 11/23/08 CSVfile
> mv CSVfile ../CSVfile_112308
- Retrievalの復元
> cd ~/public_html/DB/tmp/
> cvs checkout -D 11/23/08 Retrieval
> mv Retrieval ../Retrieval_112308
> cd Retrieval_112308/
> mv Query_Mode.pm Query_Mode20081123.pm
> mv Search_Mode.pm Search_Mode20081123.pm
> mv Temporary_Table.pm Temporary_Table20081123.pm
> vi db.cgi ("use Module;"部分を変更）
- Registrationの復元
> cd ~/public_html/DB/Registration/
> cvs update -r 1.23 list2sql.pl
> cvs update -D 11/23/08
> cvs tag -b before20081123
> cvs updae -r before20081123
- データの登録
> ./regist.sh
CVSシステム修復†
JVO用CSVファイル出力スクリプトの作成、実行(2008/7/13)†
- Registrationをsaga1に対して実行
- 関連スクリプトはJVO::get_jvo.pl
- 出力ファイルはoutput
- エラーログはjvo_log.txt
誤差解析(2008/5/20)†
異なる論文での同一天体の観測に対する系統誤差の比較
- 多数の論文で観測されている天体の一覧(計20)（だいたい8編以上だがすべてではない）
- BD+17 3248: found in 9 paper(s).
- BD-18 5550: found in 11 paper(s).
- BPS BS16467-062: found in 6 paper(s).+BPS BS16934-060: found in 1 paper(s).
- BPS CS22878-101: found in 8 paper(s).
- BPS CS22885-096: found in 8 paper(s).
- BPS CS22892-052: found in 16 paper
- BPS CS22949-037: found in 9 paper(s).
- BPS CS31082-001: found in 11 paper
- CD-38245: found in 8 paper(s).
- HD108317: found in 7 paper(s).
- HD122563: found in 16 paper(s).
- HD126587: found in 9 paper(s).
- HD128279: found in 8 paper(s).
- HD140283: found in 13 paper(s).
- HD186478: found in 11 paper(s).
- HD19445: found in 7 paper(s).
- HD218857: found in 7 paper(s).
- HD2796: found in 11 paper(s).
- HD4306: found in 9 paper(s).
- LP815-43: found in 6 paper(s).
Retrieval(2008/5/12)†
- [X/Y]でのthreshould設定ができない。
- 検索を終えてから一時テーブルを参照して条件をチェックする。
- どのデータを採用したかに依存するので、条件に合わなくても表示はした方がよい。
- 条件にマッチした件数は、検索総数と並べて表示すべき。
CVS外部アクセス†
- setenv CVS_RSH ssh
- cvs -d :ext:indigo:/home/suda/cvs/paper/ checkout paper7
![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
